يدرك أحد قراصنة الكمبيوتر أن ما يعتبره معظم الناس واقعًا هو في الحقيقة محاكاة يتم إنشاؤها بواسطة آلات، فينضم إلى المتمردين ليتحرر.

بعد حوالي 31 سنة من الحرب العالميّة الثالثة؛ أحد أفراد عصابة كانيدا المدعو بتيتسو اصطدم بطفل ذو قوّةٍ خارقة وتوّرط تيتسو بعد ذلك في مشروع خطير يهدّد مدينة نيو طوكيو بأكملها لكن ما هذا المشروع؟ ومن هو هذا الطفل ذو القوّة الخارقة؟

في عام 2257 ، تم تكليف سائق سيارة أجرة عن غير قصد بمهمة إنقاذ فتاة صغيرة هي جزء من المفتاح الذي يضمن بقاء البشرية.

يكافح رجل مع ذكريات ماضيه ، بما في ذلك الزوجة التي لا يتذكرها ، في عالم مرعب بلا شمس ، وتديره كائنات تمتلك قوى التحريك الذهني وتبحث عن أرواح البشر.

يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).

يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.