인간의 기억마저 AI에 의해 입력되고 삭제되는 세상, 진짜보다 더 진짜 같은 가상 현실 매트릭스. 그 속에서 진정한 현실을 인식할 수 없게 재배되는 인간들. 그 매트릭스를 빠져 나오면서 AI에게 가장 위험한 인물이 된 모피어스는 몇 안 되는 동료들과 함께 기계와의 전쟁 전후의의 폐허를 떠돌며 인류를 구할 마지막 영웅을 찾아 헤맨다. 마침내 모피어스는 낮에는 평범한 회사원 앤더슨으로, 밤에는 해커로 활동하는 청년 네오를 그로 지목한다. 모피어스의 지시대로 그를 만나게 된 네오는 두개의 알약 중 하나를 고르는 선택을 하게 되는데...

알 수 없는 폭발로 도쿄가 폐허가 된 지 31년이 지난 2019년의 일본. 신도시 네오도쿄는 정치와 자본의 결탁으로 첨단의 경제적 풍요를 누리고 있지만 이면에서는 퇴폐, 약물, 폭력, 광신으로 몸살을 앓고 있으며 반정부 시위가 곳곳에서 일어나고 있다. 고아이자 직업학교 출신 폭주족인 카네다 패거리는 오토바이로 거리를 누비며 아슬아슬한 심야의 레이싱을 즐긴다. 그중 한명인 테츠오는 자신에게 통제할 수 없는 엄청난 힘이 내재해 있음을 알고는 세상에 복수하듯 그 힘을 남용하기 시작한다. 과학자들은 진화된 인간에 도달하기 위해 아이들을 대상으로 능력을 각성시킬 실험을 자행하고, 30년 전의 도쿄 폭발은 실험대상 중 아키라라는 미지의 아이와 연관되어 있는데...

때는 서기 2029년, 아시아의 뉴포트라는 도시. 인간의 뇌도 통신 네트워크의 일부가 된 사회에서 가장 극악한 범죄는 고스트 해킹이다. 인간의 정체성을 규명하는 광의의 영혼을 뜻하는 고스트를 해킹해 타인의 기억 등을 조작하고 변경시키는 것. 인형사라 불리는 정체불명의 악명 높은 고스트 해커가 유럽에서 뉴포트로 주활동 무대를 옮겼다는 소식이 들린다. 이를 막기 위해 외교상 일어나는 국제범죄, 테러 등에 대해 정보수집과 감사를 행하는 정보기관 공안 6과와 쿠사나기 모토코 소령을 중심으로 한 공안 9과는 조사에 나선다

1914년 이집트. 한 노학자가 피라미드의 벽에 새겨진 5개 원소의 비밀을 밝혀낸다. 2259년 뉴욕. 지구에 거대한 행성이 다가와 대통령을 비롯한 전 군대는 비상상태에 빠진다. 지구를 구할 4개 원소를 가진 몬도샤인들은 지구로 오는 도중에 모두 죽게 되고 과학자들은 남은 팔로 유전자 합성을 통해 빨간 머리 소녀 리루를 만든다. 리루는 과학자들에게서 도망치던 중 전직 연방 요원인 코벤을 만나고, 두 사람은 4개 원소를 찾기 위해 피라미드의 예언을 알고 있는 코넬리우스 신부와 함께 파라다이스 행성으로 간다. 한편 무기상인 조르그도 4개 원소를 손에 넣기 위해 그들을 뒤쫓는데...

시온이 컴퓨터 군단에게 장악될 위기에 처하면서, 네오는 자신의 능력에 대한 더 큰 통제력을 갖게 된다. 이제 몇 시간 후면 지구상에 남은 인류 최후의 보루인 시온이 인간 말살을 목적으로 프로그래밍 된 센티넬 무리에 의해 짓밟히게 될 터. 그러나 시온의 시민들은 오라클의 예언이 이루어져 전쟁이 끝날 것이라는 모피어스의 신념에 용기를 얻고, 네오에게 모든 희망과 기대를 걸어보기로 한다. 서로에 대한 사랑의 힘으로, 스스로에 대한 믿음으로 용기를 얻은 네오와 트리니티는 모피어스와 함께 인간을 억압하고 착취하는 시스템에 맞서기 위해 매트릭스로 돌아간다.

1999년 12월 30일, 종말론자들이 말하는 지구의 종말이 이틀 남았을 때, 레니 네로는 여전히 폭력과 살인이 난무하는 거리를 헤매며 뒷골목에서 '초양기', 즉 뇌파 신경 자극 장치를 가지고 사람들의 욕구를 만족시켜주기 위해 돌아다닌다. 그러던 어느날, 아이리스라는 여자가 흑인들의 지도자격으로 우상시 되고 있는 제리코라는 랩 스타를 로스앤젤레스 경찰이 사살하는 장면이 들어있는 테이프를 그에게 주고 간다. 알려지면 폭동이 일어날게 뻔한 테이프를 본 레니는 아연 실색하고, 자신이 전에 알고 지냈던 메이시, 과거 경찰 시절 함께 일했던 맥스와 함께 사건을 해결하기로 하는데...

진실을 찾는 여정에 한 걸음 더 접근하게 된 네오. 그러나 그 와중에 능력을 소진하고 매트릭스와 현실세계의 중간계를 떠돌게 된다. 한편 기계들이 인간말살을 목적으로 인류 최후의 보루 시온으로 침공해오자 인간들은 인류의 미래를 지키기 위해 필사적인 전투를 벌인다. 그러나 베인의 몸 속에 침투한 에이전트 스미스가 본 모습을 드러내면서 네오에게는 예기치 못한 변수가 생긴다. 매 순간 세력이 커져가면서 기계들의 통제권까지 벗어난 스미스는 현실 세계와 매트릭스는 물론 기계도시까지 말살할 야욕을 불태우고, 오라클은 네오에게 마지막 조언을 건네는데...

2067년, 최첨단 하이 테크놀로지 경지까지 올라선 군사 대국 일본은 독자적인 노선을 구축하기 위하여 유엔연합을 탈퇴, 급기야 쇄국이라는 극단적인 카드를 내걸게 된다. 그리고 10년이 흐른 2077년… 일본에 들어간 외국인은 이제까지 단 한 명도 없었다. 첨단 기술에 대한 규제에 반발하여 완전 쇄국을 단행한 일본이 10년 만에 비밀 회의를 소집한다는 정보를 입수한 미국 특수부대 스워드(SWORD)는 일본의 심상치 않은 기운을 감지하고, 비밀리에 벡실을 비롯한 미국 특수 요원들은 잠입작전을 시도하게 된다. 그러나 거미줄처럼 철저한 일본의 봉쇄망에 걸려든 스워드 요원들. 치열한 총격전 끝에 레온 소령이 생포되고 나머지 특수요원 모두가 사살되고 만다. 한편, 유일하게 살아남은 벡실은 정체를 알 수 없는 여인 마리아의 도움으로 그녀의 집에 숨게 된다. 무사히 적의 손길에서 벗어난 벡실은 이내 곧 마리아가 일본의 음모 배후 세력인 다이와 회사에 대항하여 싸우고 있는 레지스탕스 조직의 리더임을 알게 되고, 인류의 생존을 위협하는 음모의 정체를 깨닫고 경악을 금치 못한다. 이에 벡실은 생포된 연인 레온을 구출하고 마리아와 함께 다이와와의 최후 결전을 감행하게 되는데…

아담 깁슨(아놀드 슈왈제네거)은 전투기 조종사로 사랑스런 아내와 딸을 두고 있는 평범한 가장으로 친구인 행크(마이클 래파포트)와 함께 작은 회사를 경영하며 삶의 행복을 누리고 있다. 어느 날 밤, 자신의 깜짝 생일파티를 준비하고 집으로 돌아온 아담은 도저히 믿기지 않는 광경을 목격한다. 집안 거실에서 자신과 똑같은 생김새의 또 다른 아담 깁슨이 자신의 가족들과 함께 생일파티를 하고 있는 것이 아닌가! 모든 생물체의 복제는 가능하지만 인간복제는 불법으로 정해져 있는 상황에서 그와 닮은 클론의 출연은 도대체 무엇을 말하는가? 아담이 이 혼돈에서 벗어나기도 전에 암살자들에게 납치당한다. 그리고 그는 이 모든 음모의 중심에 서있는 인물이자 막강한 권력을 지닌 마이클 드러커(토니 골드윈)와의 피할수 없는 싸움을 시작하는데...

스톤은 겉보기엔 거친 범법자처럼 보이지만 실제는 유능한 경관이다. 그는 범법자를 중화기로 소탕해 낼 수 있는 전문가이며 약간 이기적인 성미급한 친구이기도 하다. 서기 2008년의 건런, 지구 온난화현상으로 엄청난 홍수가 생기고 공격적인 쥐떼가 회행하고 있으며 무서운 질병과 이상기후 현상으로 천재가 계속되고 있다. 그리고 공해로 인한 짙은 구름. 심한 편집증세로 아무 성과도 없이 중화기를 휘두른 스톤은 일시적으로 감옥에 수감되게 되는데 상사로부터 강제로 새파트너를 배정받는다. 파트너로 임명된 더킨은 스톤이 증오하는 요소를 모두 갖춘 경관이었다. 왜냐면 더킨은 경찰학교를 모두 갓 졸업한 떠벌이 신출나기였던 것이다. 한편 스톤은 그의 죽은 파트너의 미망인 미쉘과의 급속한 진전으로 활기를 되찾는다. 그러나 그것도 잠시 스톤의 이번 임무는 좀 다르다. 가장 강력한 적수를 추적하고 있는 것이다. 그놈은 소름끼치는 대결에서 스톤의 파트너를 죽이고, 그에게 상처를 입힌 대단한 놈인 것이다. 이 일로 인해서 스톤은 그 살인 기계와 만나기만 하면 가슴이 방망이질 하는 버릇이 생긴다. 스톤은 그놈을 처치하겠다고 굳게 결심하고, 그 일을 하기 위해 어떤 수단방법도 가리지 않을 것을 다짐한다. 서기 2008년의 런던. 지구 온난화 현상으로 홍수가 생기고, 수의 공격적인 쥐떼가 횡행하고 있으며, 무서운 질병과 이상기후로 인한 천재가 계속 되고 있다. 그리고 공해로 인해 짙은 구름. 이런 모든 환경은 그 살인자에게는 안성맞춤의 엄폐물이 되고 은신처가 되었다. 런던은 이 살인괴물이 불러 일으킨 공포에 휩싸여 있었다. 가장 최근의 희생자는 스톤의 바로 앞에서 당했으며, 스톤은 그의 가슴이 방망이질 하는 것을 느꼈으며, 희생자의 심장은 도려내어져 얼음속에 넣어 스톤에게 배달되었다. 심한 편집성 발작을 일으켜 중화기를 마구 휘두른 스톤은, 일시적으로 감방에 수감되었다가 강제로 새 파트너를 배정 받는다.

거대한 전쟁으로 인해 죽음과 가난이 팽배하고 혼란이 넘쳐나는 미래의 도시. 사람들은 하나 둘씩 정착할 곳을 찾아 피난길에 오른다. 총 하나만으로도 모든 일을 완벽하게 해결하는 전문 킬러 투롭(빈 디젤)은 어느 날, 정체불명의 조직으로부터 엄청난 액수의 돈과 새로운 인생을 보장받을 수 있는 특별한 미션을 부여받는다. 바로 6일 안에 한 여자를 미국으로 데려가는 것. 그는 신비스러운 능력을 지닌 여인 오로라(멜라니 티에리)와 그녀의 보호자인 수녀 레베카(양자경)를 데리고 미국으로 향하지만 도처에서 그녀를 노리는 괴한들의 무차별 공격을 받게 된다. 무너져가고 있는 이 세계를 구원할 유일한 존재가 오로라라는 것을 알아챈 투롭. 그는 과연 정체를 알 수 없는 거센 공격 속에서 그녀를 지켜낼 수 있을 것인가?

깡마르고 각진 얼굴, 그러나 육감적이고 차가운 여인, 시간과 공간이 불분명한 미래 도시에서 살아가는 특수요원 이온 플럭스. 그녀의 테러가 무엇을 향한 것인지 알 수 없으며, 그녀가 정의의 편인지 악의 편인지 역시 예측할 수 없다. 단지 그녀가 속한 공간은 개인이 모든 책임을 져야하는 무정부주의 국가 모니카이며, 그녀와 대립되는 인물 트레보가 사는 브레냐는 대형 아파트와 거대나 공장으로 포장된 전체주의 국가를 상징한다는 점 정도만 유추할 수 있다. 과학기술의 편리함이 스스로의 삶을 옥죄는 통제의 수단이 되어버린 디스토피아의 우울한 시대. 이온은 누구보다도 강력한 힘과 뛰어난 두뇌로 선과 악의 모호한 경계에 선 채 위태로운 외줄타기를 한다. 그녀는 모든 것이 치밀하게 조직되고 일사분란하게 움직이는 시대에 반항하는 이단아이자 질서의 파괴자이다. 반면에 트레보는 이 모든 도시의 창조자이자 통제자이다. 이온과 트레보는 때로는 적대적이지만 때로는 서로를 갈구하는 관계가 되기도 한다. 온갖 상징과 성적 코드가 담긴 이온의 행동은 그녀 자신이 디스토피아의 희망이자 희생양의 상징임을 말해준다.

미래 사회, 리텍이라는 한 회사에서 컴퓨터 가상 현실을 이용해 경관들의 현장 훈련을 안전하게 하기 위한 새로운 프로그램, 씨드 6.7(SID 6.7: 러셀 크로우 분)을 만든다. 죄수들을 대상으로 프로그램을 테스트하려하고 과거에 로스앤젤레스 경찰에서 형사로 활동 중, 사건에 연루돼 살인죄로 복역 중인 파커 반즈(Parker Barnes: 덴젤 워싱톤 분)가 대상자로 선택된다. 그와 함께 프로그램에 참가했던 다른 죄수가 게임 도중 신경이상 발생으로 그만 숨지고 만다. 부작용을 목격한 회사 책임자는 씨드 6.7을 파괴하도록 지시하나 이미 수백명의 폭력적 인성인자를 갖고 있는 씨드는 그를 프로그래밍한 대럴을 이용하여 현실 세계로 나오는데 성공하는데...

2030년 핵에너지 보다 강력한 텍스멕시엄이라는 물질이 발견되어 새로운 세대의 슈퍼컴퓨터를 사용할 수 있게 된다. 한편 슈퍼컴퓨터나 전도성 플라스틱 그리고 컴퓨터 칩을 만들 수 있는 재료가 고갈이 되자, 컴퓨터 관련 재료를 헌팅하는 테크 폐품 수집자들이 늘어나게 된다. 사이보테크 컴퍼니는 아시아의 작은 섬 8JO에 로보틱 개발 시설을 만들게 되고 강력한 인공지능 카이런 5를 만들어 이 섬의 시설들을 관리하게 된다. 그러나 카이런 5는 더 이상의 인간의 필요성을 느끼지 못하고 명령을 받기를 거부하게 되자, 연합군은 건헤드 전투 부대를 급파하게 된다. 그러나 카이런 5는 거대 로봇 에어로봇을 발진시켜 연합군을 격퇴, 결국 전쟁은 결말을 보지 못하고 연합군은 8JO를 방치하게 된다. 그 후 13년 후 이야기가 시작하게 된다.

폭발사고로 중상을 입은 조브는 코리 박사의 치료를 받고 다리를 잃은 채 가상현실 속에서 위안을 찾는다. 한편, 가상현실의 최고 권위자인 트레이스 박사는 가상현실의 핵이자 가공할 위력을 지닌 카이론 칩을 만들던 도중 투자단에게 특허를 빼앗기고 초야에 묻힌다. 이 카이론 칩의 특허를 손에 넣은 사람은 조나단 워커로, 그는 코리 박사와 조브를 수하에 두고 버추얼 라이트라는 연구소를 운영하며 전 세계 모든 시스템의 통합과 장악을 꿈꾼다. 조브는 개발이 중단된 카이론 칩의 핵심인 이집트 링크의 정체를 파악하기 위해 자신이 잔디 깎이로 있던 집의 어린 아들인 피터를 찾게 되고, 피터가 은신 중인 트레이스 박사를 찾아 나서는데…