Appena arrivati ad El Dorado, la leggendaria Città dell'Oro, Tulio e Miguel vengono scambiati per degli dei e ricoperti di ricchezze come non avrebbero mai sognato. Ma quando amicizia, lealtà e avidità si scontreranno, i nostri improbabili eroi dovranno prendere la decisione della loro vita: scappare con l'oro o affrontare inattesi pericoli nel tentativo di salvare il popolo di El Dorado!

Il giovane Milo Thatch, cartografo e linguista, sogna di portare a termine il sogno del nonno, famoso esploratore: ritrovare la mitica Atlantide. In possesso di una mappa, Milo decide di unirsi alla spedizione del capitano Rourke e parte alla ricerca dell'isola scomparsa. Giunti a destinazione, i nostri incontrano la Principessa Kida e scoprono che la città è ancora abitata: l'energia di un cristallo ha fatto sì che la popolazione potesse sopravvivere. Il capo della spedizione, però, da sempre al corrente dei poteri magici dei cristalli, ha in mente di impossessarsene per riportarli in superficie e sfruttarli per i propri scopi...

Ritroviamo Alex il leone, Marty la zebra, Gloria l'ippopotamo e Melman la giraffa alla deriva nelle remote spiagge del Madagascar, pronti ad imbarcarsi sull'aereo riparato dalla squadra di terribili pinguini per tornare a Central Park. Un atterraggio di fortuna, però, ben prima di arrivare nei cieli americani, li catapulta nel bel mezzo di una pianura africana, ai piedi del Kilimangiaro. Tutto appare come la realizzazione di un sogno: Alex ritrova la famiglia, Marty il branco che ha sempre desiderato, Gloria le attenzioni del prestante Moto Moto e Melman l'opportunità di mostrare un po' di eroismo. L'Africa è dunque meglio di New York City? Di certo non è meno avventurosa.