Etorkizun urrunean, apokalispsiaren mila urte beranduago, Lurraren zati handi bat "Fukai" izeneko baso batez estalita dago. Baso horrek pozoia aireratzen du eta intsektu erraldoiez josia dago. Gizakia gainbeheran dago, herri asko izan dira irentsiak Fukaiarengatik eta bizirik jarraitzen direnek gogor lan egin behar dute bizirauteko. Nausicaä, Haize Haraneko printzesa da, erreinu oso txiki bat. Ontziak bikain pilotatzen dituen eta intsektuak etsaitzat hartzen ez dituen neska.

Hirugarren film honetan protagonistaren aita (hau ere arkeologoa) bahitu egiten dute Grial Santua bilatzen ari zen bitartean. Indiana Jonesek misio bikoitza dauka beraz: aita erreskatatzea eta Grial Santua aurkitzen saiatzea.

Daniel Larusso Los Angelesera iritsi da ekialdeko kostatik, lagun berriak egiteko asmoz. Hala ere, Kobren erasoen jomuga bihurtu da. Karateko ikasle-talde etsai bat da Kobrak, eta taldeko buruzagiaren neska-lagun ohi Alirekin irteten hasi da. Egoera horretan, borroka-arteen maisu bati (Miyagi) laguntza eskatu besterik ez du, karatea erakuts diezaion. Miyagiren babespean, Danielek bere gaitasun fisikoak ez ezik, oztopo guztiak gainditzeko behar duen segurtasuna ere garatuko du.