Nyuszi és Őz felhőtlen barátságát próbára teszi Őz rögeszmés kutatása a harmadik dimenzió után...

Újra együtt a nagy csapat. Manny, a mamut végre elszánta magát a családalapításra, most a nejével, Ellie-vel várják a trónörökös érkezését. Diego, az öregedő félben lévő kardfogú tigris viszont még mindig jobban szeret egyedül vadászni. Az ügyefogyott lajhárban, Sidben is feltörtek az apai érzések, a maga sajátos módján néhány dínótojás elcsenésével és keltetésével éli ki azt. Sajnos ezzel veszélybe sodorja a kis csapatot, hiszen a dínó mama nem hagyja annyiban a dolgot. Miközben megpróbálják kirángatni Sidet a bajból, még nagyobba kerülnek, a földalatti világba, ahol még mindig a dinoszauruszok uralkodnak.

Alice visszatér Csodaországba, ahol ráadásul még időutazóvá is kell válnia, hogy megmenthesse a bolond Kalapost. Alice Kingsleigh az elmúlt években édesapja nyomdokaiba akart lépni, ezért a tengeren hajózott. Miután visszatér Londonba, egy mágikus nagyító birtokába jut, amelynek segítségével visszatér Csodaországban megismert barátaihoz, a Fehér nyúlhoz, a Bölcselőhöz, a Cheshire macskához és persze a bolond Kalaposhoz, aki azonban, mintha nem lenne önmaga. Ezért Mirana elküldi Alice-t, hogy kérje kölcsön a titokzatos Kronoszférát, ezt a fémből készült gömböt, amely magát az időt működteti. Ahogy visszatér a múltba, a lány számos barátjával és ellenségével találkozik, miközben veszedelmes küldetésének próbál a végére járni és megmenteni a Kalapost.

Optimus fővezér és katonái legyőzték az Álcákat. Úgy tűnik, végre béke és nyugalom köszönt a Földre. Sam is az egyetemi tanulmányaira készül. A nyugalom azonban látszólagos. A Scorpinox nevű álca ellopja Megatron holttestét, és föltámasztja halottaiból. Az új életre kelt Megatron és cinkosa, Üstökös bosszút esküszik az Autobotok ellen, és minden korábbinál nagyobb erőt gyűjt, hogy legyőzze az ellenfeleit. Nem számol azonban Sammel, akinek sorsa továbbra is a robotokhoz van kötve. Sam ismét összefog az Autobotokkal, hogy felvegye a harcot az Álcákkal.