يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).

يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.

تفرقت السبل بأعضاء المجموعة ولم يتقابل أفرادها منذ سنتين، تتغير الأمور عندما يتلقى كلٌ منهم دعوةً للذهاب إلى جزيرةٍ غامضةٍ. يذهب الجميع غير عالمين أن الدعوة لم تكن فردية، وهناك يكتشفون وجود حديقة ملاهي لها تأثير غريب على مرتاديها الشباب. يبدو فريد ودافني وفيلما غير متحمسين للمغامرة على العكس من سكوبي دوو وشاجي ، ولكن الكل يدرك أن حل هذا اللغز الغامض يحتاج إلى تكاتف الجميع.

يقع لدى الكائنات الفضائية الكثير من اللبس بخصوص ألعاب الفيديو الكلاسيكية التي تنتمي لحقبة الثمانينيات والتي يرسلها البشر إليهم، مما يدفعهم للظن أن هناك إعلانًا للحرب عليهم، فيقومون بمهاجمة الأرض باستخدام الألعاب لتكون نماذج مخصصة لعمليات الهجوم خاصتهم، مما يؤدي بالرئيس ويل كوبر لاستدعاء صديقه القديم برينر الذي كان بطلًا في مسابقات ألعاب الفيديو، وذلك من أجل تكوين فريق من اللاعبين المهرة من أجل إنقاذ الكوكب من خطر الفضائيين.

تقع "كارمن" أسيرة لعبة واقع افتراضي صممها "صانع الدمى"، عدو الأطفال الجديد، وإنقاذها مرهون بتغلّب "جوني" على اللعبة.