在消灭涡轮的六年后，当立瓦先生将Wi-Fi路由器插入游戏机时，破坏王拉尔夫与好友云妮露普·凡史威茲在网上世界上遇到很多新的习俗和事物，包括迪士尼公主、布偶大电影、星球大战、迪士尼动画、漫威漫画和皮克斯角色。

上一部结尾，尼奥终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂，舰长墨菲斯回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

第二集中，尼奥没有能从摧毁内部“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯和崔妮蒂等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双发谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

黑客凯文（杰夫布里奇斯饰）拼命的证实EN公司最热的电子游戏是从他那里被自己以前的同事偷走的。而现在他的这个同事已经成为了EN公司的高级主管。然而，凯文的努力，却因为一个疯狂的被称为“大哥”的主脑操控程序所破坏。一天晚上，主脑操控程序发现凯文是黑客，于是把他带入了虚拟世界。凯文发现主脑操控程序正在制造一个虚拟的世界，而在这里与现实世界一样让人感到悲哀。凯文唯一的希望就是找到“Tron”，这是一个独立的安全系统程序，可以帮助自己毁掉主脑操作程序，让虚拟世界和现实时空都恢复秩序。

第一个故事集中在 Tai 和 Kari Kamiya 在他们在数字世界冒险的四年前。它展示了他们与 Digimon 的第一次接触以及发生在他们身上的事情(还有其他孩子)。一天早上，泰和卡莉醒来，发现前一天晚上他们的电脑里出现了一个电子蛋，这个蛋很快就孵化出来，露出了一个波塔蒙。然后，Digimon 演变成了 Koromon，然后是 Agumon (不是在系列中和 Tai 成为朋友的那个，然而，不知怎么的，Koromon 和 Kari 都记得对方) ，然后他走出去，无意中破坏了一大片社区，Kari 骑在他的背上。第二个数字蛋出现在天空中，显示出一个邪恶的数字，帕罗蒙。阿古蒙随后转投 Greymon，但是他的实力不足以击败帕罗特蒙，因此被淘汰出局。泰抓住卡莉的哨子，唤醒了格雷蒙，格雷蒙打败了帕罗蒙，和他一起消失了。

　　男孩Corey决心帮助他的弟弟Jimmy完成前往加洲的心愿，在惊历奇险之后，终于如愿以偿，并且获得一份额外的礼物，参加任天堂电玩游戏的冠军赛。一部青春冒险奇想的电影，交织着温馨感人的气氛。

在上一部的结尾，卢成为“互联网之父”。之后卢却不幸遭到一名不明身份的袭击者枪击，性命危在旦夕，为了再次拯救他们的朋友，雅各布和尼克再次启动了时间机器——热浴盆时光机。