I fortsettelsen på eventyret til demon-superhelten Hellboy, bryter en ond alv en gammel pakt mellom mennesker og skapninger, da han erklærer krig mot menneskeheten. Han er på en misjon for å frigjøre The Golden Army, en dødelig gruppe kampmaskiner som kan ødelegge menneskeheten. Da helvete på jord er klar til å bryte ut, setter Hellboy og hans mannskap ut for å beseire den onde prinsen.

Den gale vitenskapsmannen Dr. Totenkopf og hans forskrudde planer truer nå hele menneskeheten. Ved hjelp av reporteren Polly Perkins (Gwyneth Paltrow) og sin trofaste spitfire, må Sky Captain (Jude Law) igjen på vingene og kjempe i luft, ild og vann for å gjenopprette verdensordenen. Da alt ser svart ut får våre to helter dessuten støtte fra Sky Captains eks-kjæreste, nemlig Franky Cook (Angelina Jolie) og det tekniske geniet Dex (Giovanni Ribisi). Deres vanvittige kamp mot den onde Totenkopf og hans fremrusende roboter utspiller seg i New York anno 1939.