يدرك أحد قراصنة الكمبيوتر أن ما يعتبره معظم الناس واقعًا هو في الحقيقة محاكاة يتم إنشاؤها بواسطة آلات، فينضم إلى المتمردين ليتحرر.
يلاحظ أحد جنود مشاة البحرية الأمريكية الواقعي التأثيرات اللاإنسانية للحرب الأمريكية الفيتنامية على زملائه المجندين من تدريب معسكراتهم الوحشي إلى قتال الشوارع الدموي في هيو.
الأستاذ باربنفوي وخمسة من زملائه في أكاديمية الفلك يسافرون إلى القمر على متن صاروخ يدعمه مدفع عملاق. عند وصولهم إلى سطح القمر، يواجه المستكشفون الجريئون العديد من المخاطر المخفية في كهوف هذا الكوكب الغامض.
بعد أن تقطعت السبل بكائن فضائي لطيف على الأرض ، يكتشفه صبي صغير اسمه إليوت ويصادق عليه. بعد إحضار الكائن الفضائي إلى منزله في إحدى ضواحي كاليفورنيا ، يقدم إليوت ET ، كما يطلق على الأجنبي ، لأخيه وأخته الصغيرة ، جيرتي ، ويقرر الأطفال الحفاظ على سرية وجودها. ومع ذلك ، سرعان ما بدأ إي. يصاب بالمرض ، مما أدى إلى تدخل الحكومة ووضع مؤلم لكل من إليوت والأجنبي.
يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).
تهبط سفينة فضائية ضخمة إلى الغلاف الجوي للأرض، وتتسبب في فوضى بجميع الاتصالات داخل الكوكب، ثم يكتشف أحد العلماء نية الكائنات الفضائية في ضرب جميع النقاط الحيوية بالأرض من أجل احتلال الكوكب، وتبدأ من هنا الحرب بين البشر وتلك الكانئات الفضائية.
يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.