I fortsettelsen på eventyret til demon-superhelten Hellboy, bryter en ond alv en gammel pakt mellom mennesker og skapninger, da han erklærer krig mot menneskeheten. Han er på en misjon for å frigjøre The Golden Army, en dødelig gruppe kampmaskiner som kan ødelegge menneskeheten. Da helvete på jord er klar til å bryte ut, setter Hellboy og hans mannskap ut for å beseire den onde prinsen.

Det hele starter på en helt normal og kjedelig dag, da Buck ser to mistenksomme menn i et smug. Når han innser at de skal rane en gullsmedbutikk, hindrer Buck de i å gjennomføre ranet. Like etter dette Buck Liu, en privatetterforsker som er overbevist om at Buck er den ukjente sønnen til en rik koreansk forretningsmann. Han drar derfor til Korea for å oppfylle sine drømmer om eventyr og lykke. Men Buck blir dratt inn i et farlig spill, og han oppdager at nøkkelen til å finne et farlig virus. Nå må han finne viruset før alle hans motstandere finner det.

En gruppe kinesiske flyktninger blir funnet drept i en container på havnen i New York. Dette utløser en rekke bisarre og mystiske begivenheter som leder til mordet på den kinesiske FN-ambassadøren. Når Shaw blir anklaget for mordet må han gå under jorden, forsvinne fra sitt eget liv, løse mysteriet og renvaske sitt eget navn.

Munken, en ekspert i kampsport har hatt som oppgave å beskytte en gammel, mystisk skriftrull som inneholder hemmeligheten til ustoppelig makt. Hans søken etter en verdig arvtager bringer ham til USA. Her oppdager han til sin store overraskelse at i følge et gammelt profeti, er Munkens etterfølger en sjarmerende opprører, Kar. Mens Munken lærer opp Kar til å bli den nye beskytteren, blir de tvunget til å samarbeide for å beskytte skriftrullen fra en hvileløs skurk som har jaktet på den i over 60 år. Mellom høytflyvende akrobatikk, kung fu action og kjappe kommentarer, må dette uvanlige paret jobbe sammen for å beholde skriftrullen trygg.

Under en markering for japanske soldater som kjempet på amerikansk side under den andre verdenskrig møter Mr. Miyagi enken til sin gamle offiser. Han blir kjent med hennes barnebarn Julie, en sint tenåring. Hun er full av sorg og smerte etter dødulykken til hennes foreldre og har store problemer med sin bestemor og medelever. Mr. Miyagi bestemmer seg for å lære henne Karate og bringe henne tilbake på rett vei.