როდესაც ბერლინერ მიკე (ჯესიკა ბოროსი) აცხადებს საკუთარ თავს ელექტრონული ფოსტით ამერიკელი სკოტისთვის (სკოტ მეჩლოვიჩი), იგი უარყოფს მას როგორც კაცს. როდესაც ის შეცდომას აღმოაჩენს, იგი ცდილობს დაუკავშირდეს მას, მაგრამ ეს შეუძლებელია. მისი დაპყრობის ერთადერთი გზა, როგორც ჩანს, ბერლინში (გერმანია) გამგზავრებაა და ამის გაკეთება, მას მისი მოგზაურობით თან ახლავს მისი მეგობარი კუპერი (ჯაკობ პიტსი) და ტყუპები ჯენი (მიშელ ტრეჩენბერგი) და ჯეიმი (ტრევის ვესტერი). .
ალექსი, მარტი და ზოოპარკის სხვა ცხოველები პოულობენ მადაგასკარიდან თავის დაღწევის გზას, როდესაც პინგვინები აწყობენ დანგრეულ თვითმფრინავს. არასტაბილურად გარემონტებული ხომალდი ჰაერში იმდენ ხანს რჩება, რომ აფრიკის კონტინენტზე მოხვდეს. იქ ნიუ-იორკელები პირველად ხვდებიან საკუთარი სახეობის წარმომადგენლებს. აფრიკა ველური ადგილია, მაგრამ ალექსს და კომპანიას აინტერესებთ, უკეთესია თუ არა ის, ვიდრე ცენტრალური პარკის სახლი.
გოგონა ფრტენმა იცის, რომ უილბური - სრულიად განსხვავებული არსებაა - მან იცის ბევრად მეტი ვიდრე უბრალო გოჭმა. ახალ ფერმაზე გადასვლის მერე უილბური პოულობს თავისთვის კიდევ ერთ მეგებარს - ობობას სახელად შარლოტა.
ამ ანიმაციაში მომუშავე ჭიანჭველას უყვარდება მეამბოხე პრინცესა. ის პოპულარობას ჯარისკაცობაში ცვლის. პარადში ერთვება და ყველაფერს სისხლისმსმელი გენერალის ბრძანებით ასრულებს. მაგრამ სინამდვილეში ეს იმიტომ გააკეთა რომ საზიზღარი არმიის წინააღმდეგ ებრძოლა.