Enrôlé jeune dans les rangs des yakuzas, Kenji jure fidélité à son chef et promet de respecter le code d'honneur de sa famille dans un monde en perpétuelle évolution.

Huit mois après les derniers événements, alors que Genji est sur le point d'être diplômé du lycée Suzuran, il se voit contraint de régler une dernière affaire avec une école rivale.

Goro Hanada (interprété par l'acteur fétiche de Suzuki, Jo Shishido) est le tueur numéro 3 dans la hiérarchie des malfaiteurs japonais. Misako Nakajo (interprétée par Annu Mari) lui propose un « contrat », qu'il rate à cause d'un papillon qui se pose sur son arme. Dès lors, il deviendra la cible du mystérieux et secret numéro 1. Il décide de quitter l'organisation des malfaiteurs professionnels et de trouver le numéro 1.

Plein de remords après ses précédentes aventures, Zatoichi décide de retourner dans son village natal. Il y retrouve son ancien maître d'armes, Banno, qui - loin de l'image classique du sage sifu émérite - est un fourbe personnage même enclin à extirper de l'argent à ses propres élèves. Zatoichi de son côté s'adonne aux flèches de Cupidon et en pince pour la belle Yayoi pour laquelle il fait même l'impossible promesse de disposer les armes. Malheureusement condamné à errer encore plus d'une vingtaine d'épisodes cinématographiques à venir, il est obligé d'aller à l'encontre de ses bonnes intentions et de se battre contre le frère d'un ennemi assassiné au cours du précédent épisode...

Pour avoir décoché un coup de poing à un yakuza énervé par sa lenteur, Masaki, jeune pompiste quelque peu hébété, se retrouve dans une situation délicate. Effrayé par les conséquences de son acte et les menaces de destruction qui planent sur la station-service, il demande de l'aide à l'entraîneur des Eagles, l'équipe amateure de base-ball dans laquelle il joue. Ce dernier, lui-même ancien yakuza se fait vertement recevoir et humilier par le chef du gang. Livré à lui-même, Masaki part pour Okinawa avec Kazuo, un de ses coéquipiers, à la recherche d'une arme pour se protéger.

Zatoichi nous revient plus guilleret que jamais, débutant le film par un tournoi de sumotori qu'il remportera avec beaucoup d'énergie. Mais, rassurez-vous, le pessimisme ambiant ne tardera pas à refaire vite surface. La tête de Ichi est mise à prix par un parrain local. Les yakuzas, alléchés par l'argent, n'hésitent pas à s'en prendre à lui et à périr sous sa lame. Cependant, obligé de tuer un jeune yakuza attiré par la prime, Ichi décide de se rendre au village du défunt afin de présenter ses excuses à la mère de celui-ci ainsi que pour trouver qui a mis sa tête à prix...

Une procession officielle tourne au carnage lorsque les gardes de l'escorte tentent de tuer un jeune garçon d'origine chinoise qui a eu le malheur de se trouver sur leur route. Sa famille, qui vole à son secours, est massacrée mais les agresseurs sont à leur tour décimés par un étrange bretteur manchot, Wang Kang (Jimmy Wang Yu), venu à la rescousse de ses compatriotes. L'enfant arrive à s'enfuir et est recueilli par Zatoichi qui finit par croiser la route de Wang. Mais ils sont poursuivis par les hommes du gouvernement et des yakuzas à leur solde, qui veulent faire disparaître les derniers témoins du drame tout en accusant Wang du massacre. Ce dernier se méfie de tout le monde, y compris de Zatoichi dont il ne comprend pas la langue. Ces deux justiciers devront-ils finalement s'affronter ?

Cinq hommes, tous victimes du meme gang de yakuzas, decident de s'unir pour attaquer leur persecuteur. Mais les yakuzas ne l'entendent pas de cette oreille et engagent un redoutable tueur.

À la fin du XIXe siècle, l’assassinat d’un parrain respecté provoque une guerre de succession entre ses lieutenants. Le nouveau chef élu à la tête de la grande famille s’efforce d’atténuer les rivalités entre « conservateurs » et « modernistes » et de trouver une voie de compromis pour que survive son clan dans la nouvelle société qui s’annonce.

L'action se passe à Tokyo, l'histoire d'un policier, Eddie Kenner, s'infiltrant au sein d'un gang brutal d'anciens G.I. mené par Sandy Dawson, afin de retrouver les assassins d'une victime tuée au cours d'un hold-up d'un train de munitions. Sandy sauve la vie au policier et fait de lui son préféré, remplaçant Griff (tué par Sandy). Mais il s'apercevra de la traîtrise d'Eddy ; lors du règlement de comptes final Eddy tue Sandy.

Quand le gouverneur de Tokyo est assassiné, Travis Hunter, un ex-agent de la CIA, poursuit les terroristes responsables et lors de son enquête se retrouve confronté à un leader Yakuza montant une énorme affaire de drogue avec la mafia chinoise...