Ένας εξωγήινος προσγειώνεται στην Γη κι ο πλανήτης βρίσκεται σε απόλυτη αναταραχή. Αυτός φέρνει ένα μήνυμα: είτε ο άνθρωπος θα αρχίσει να ζει ειρηνικά είτε θα καταστραφεί ως κίνδυνος για άλλους πλανήτες.
Κάποιο βράδυ ένας εργάτης βλέπει το φορτηγό του να ακινητοποιείται και τα πάντα γύρω του να λούζονται από εκτυφλωτικό φως. Από την επομένη αισθάνεται διαρκώς ότι πρέπει να ταξιδέψει σε συγκεκριμένη τοποθεσία, όπου κάτι πρωτοφανές πρόκειται να συμβεί. Και ενώ η οικογένειά του ανησυχεί, ο Ρόι ανακαλύπτει ότι δεν είναι ο μόνος που έχει παράξενα προαισθήματα.
Η αμερικανική κυβέρνηση έχει πλέον κλείσει τους Φακέλους X-Files, που επί πέντε χρόνια διερευνούσαν διάφορα ανεξήγητα φαινόμενα και μεταφυσικά συμβάντα. Οι πράκτορες του FBI, Φοξ Μόλντερ και Ντάνα Σκάλι, εξετάζουν τώρα πιο συνηθισμένες υποθέσεις για την Υπηρεσία, όπως για παράδειγμα, μια βομβιστική επίθεση σε κυβερνητικό κτίριο του Ντάλας, με θύματα τέσσερις πυροσβέστες κι ένα παιδί. Ωστόσο, η συγκεκριμένη αυτή έρευνα θα αποτελέσει την αρχή του νήματος για ένα πολύ πιο σκοτεινό μυστήριο, που ξεπερνά κάθε φαντασία.
Ένα τεράστιο αντικείμενο άγνωστης ταυτότητας πέφτει από το διάστημα, και αλλάζει την οπτική της ανθρωπότητας πάνω στη ζωή που μπορεί να βρίσκεται μακριά από τον πλανήτη μας. Οι Μοσχοβίτες έχουν μαζευτεί για να δουν το απόξενο θέαμα, αγνοώντας τους κινδύνους που αυτό ελλοχεύει. Τα γυρίσματα πραγματοποιήθηκαν υπό την πολιτική του απορρήτου σε διάφορες συνοικίες της Μόσχας, συμπεριλαμβανομένων των εγκαταστάσεων του υπουργείου άμυνας, με τη συμμετοχή του τελευταίου στρατιωτικού εξοπλισμού των ρωσικών ενόπλων δυνάμεων.
Το 1972 δημιουργήθηκε ένας κατάλογος βάσει του οποίου οι επαφές των ανθρώπων με UFO κατανέμονται σε τέσσερις τύπους. Όταν ένα UFO γίνεται απλά φανερό με την όραση, έχουμε την επαφή Πρώτου τύπου. Όταν καθίσταται δυνατή και η συλλογή αποδείξεων και πληροφοριών έχουμε την επαφή δευτέρου τύπου. Στον τρίτο τύπο κατανέμονται περιπτώσεις κατά τις οποίες εμφανίζονται και εξωγήινα πλάσματα. Τέλος στην τέταρτη και δυσκολότερη κατηγορία υπάγονται οι περιπτώσεις των απαγωγών. Τα γεγονότα της ταινίας λαμβάνουν χώρα στην σημερινή Αλάσκα και την πόλη Νομ, οπού ετησίως δυσανάλογος αριθμός του πληθυσμού αναφέρεται ως αγνοούμενος. Παρά τις πολλαπλές έρευνες του FBI η αλήθεια δεν αποκαλύφθηκε ποτέ. Μία ψυχολόγος η Δρ. Αμπιγκέηλ Τάιλερ ξεκινάει να βιντεοσκοπεί τις συνεδρίες από τραυματισμένους ασθενείς και αναπάντεχα ανακαλύπτει ενοχλητικές αλήθειες σχετικά με τις απαγωγές που έχουν καταγραφεί.