Vse kaže, da je Božiček letos zgrešil smer, saj se s svojimi sanmi vred nepričakovano znajde sredi Madagaskarja. Poleg tega zaradi udarca v glavo izgubi spomin in se sploh ne zaveda, kdo je. Alex, Marty, Melman, Gloria in vedno iznajdljivi pingvini so tisti, ki morajo zdaj otrokom po vsem svetu razdeliti darila in poskrbeti, da bo tudi letošnji božični dan najsrečnejši dan za otroke. In glede na to, da bodo Božičkove sani slej ko prej pristale tudi v New Yorku, je to odlična priložnost, da se živalska druščina vrne domov.

Nekega sončnega dne prične Mali Pišček someščane opozarjati na veliko nevarnost, ki jim grozi, kar sproži vsesplošno paniko in kaos. Ko se strah nekoliko poleže, jim Mali Pišček razloži, da je nebo pričelo padati na Zemljo. Seveda mu nihče ne verjame, toda Mali Pišček je odločen, da dokaže svoj prav. Ko se zares pričnejo dogajati čudne stvari, so mali piščanček in njegovi rahlo čudaški prijatelji edini, ki lahko rešijo svet, če bodo le uspeli zbrati dovolj poguma.