سی سال پس از جنگ جهانی سوم حالا دیگر توکیو به یک شهر بسیار بزرگ و صنعتی تبدیل شده که هیچ آرامشی در آن وجود ندارد، همچنین گروه‌های خلافکاری که شب و روز در حال جنگ با یکدیگرند و اعتراضات شدید مردم نا امنی در این شهر را چندین برابر کرده‌است.یکی از گروه‌های موتورسوار و خلافکار این شهر دسته ای از دانش آموزان هنرستانی، به ریاست کانداست. یکی از دوستان صمیمی کاندا تتسوهو نام دارد که ضعیف‌ترین عضو گروه است و این کانداست که همیشه هوای او را دارد ولی تتسوهو همیشه نسبت به موتور و توانایی‌های کاندا در مبارزه حسادت می‌کند.علت وقوع جنگ جهانی سوم به کودکی به نام آکیرا بازمی‌گردد، آکیرا و سه کودک دیگر وجود داشتند که در گذشته به خاطر توانایی‌های خاصی که داشتند دولت آنها را جمع‌آوری کرده بود ولی آکیرا قدرتی بسیار فراتر از همه آنها داشت و وقتی از کنترل خارج شد جنگ جهانی سوم آغاز شد. پس از جنگ آکیرا را در محفظه دور از دسترس همگان قرار دادند و از آن سه کودک دیگر تحد تدابیر امنیتی شدید نگهداری کردند تا وقتی که سی سال بعد یکی از آن هلا اقدام به فرار کرد
جان صبح در يک هتل ناشناس و عجيب تنها از خواب بر می خيزد. او حافظه اش را از دست داده و پليس نيز بخاطر يکسری جنايت که او هيچ چيزی در موردشان به ياد نمی آورد، در تعقيب اوست. زماني که او می کوشد تا گذشته اش را بخاطر آورد وارد يک دنيای زير زمينی می شود که توسط يکسری موجودات بسيار قدرتمند که به بيگانه مشهور هستند کنترل می شود. اين بيگانه ها دارای اين قدرت هستند که افراد را به خواب ببرند و شهر و اهالی آن را دچار تغيير کنند. اکنون جان بايستی راهی را برای متوقف کردن آنها قبل از اينکه کنترل ذهن وی را بدست گرفته و او را نابود کنند، پيدا کند.
«سام بالدوین» (هنکس) پس از مرگ همسر جوانش با پسر هشت ساله اش «جونا» (مالینجر) تنها می ماند. او برای آغاز یک زندگی نو از شیکاگو به سیاتل می رود. از سویی «آنی رید» (رایان) یک روزنامه نگار ساکن بالتیمور، وقتی صدای «سام» را از رادیو می شنود، ندیده و نشناخته، به او علاقه مند می شود و به سیاتل می رود ...