في مدينة مستقبلية منقسمة بحدة بين الطبقة العاملة ومخططي المدينة ، يقع ابن العقل المدبر للمدينة في حب نبي من الطبقة العاملة يتنبأ بمجيء المنقذ للتوسط في خلافاتهم.
يعلم مارتي مكفلي بأن حياة صديقة الدكتور إيميت براون في خطر ، بينما يستمتع براون بالحياة الهادئة في عام 1885، فيقرر السفر إلى الماضي لإنقاذ صديقه. ويتلقى مارتي رسالة من د. إيميت تعود عمرها للقرن الماضي، يخبره فيها أنه قرر العودة بالزمن إلى عام 1885، وأنه قد خبأ آلته بمنجم مهجور خارج المدينة.
يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).
في مُنتجع مُستقبليّ، يُمكن للزوار الذهاب إلى مواقع تتميز بفترات زمنية مختلفة وممارسة رغباتهم الجامحة مع روبوتات كالبشر. ولكن حين يختار ريتشار بنجامين موقع الغرب المتوحش، يبدأ روبوت يحمل مسدساً بالهيجان.
يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.