نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
دختری به نام «مارنی» (هدرن) که بیماری دزدی دارد در شرکت های مختلف استخدام می شود و دست به سرقت می زند مدیر یکی از این شرکت ها (کانری) با «مارنی» ازدواج می کند و با آگاهی از بیماری همسرش سعی می کند تا درباره ی گذشته اش اطلاعاتی به دست آورد...
طوفان عجیبی باعث آزاد شدن موجودات خونخوار عجیبی در شهر کوچکی می شود.گروه کوچکی از شهروندان در فروشگاهی دور هم جمع شده اند و برای زندگی خود می جنگند...
صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.