إستكمالاً لأحداث الجزء الأول، تحاول الحيوانات العودة إلى موطنها في نيويورك، ومنهم الأسد (أليكس) بعد أن تخلى عن طبيعته المفترسة، لكن تسقط الطائرة التي صنعها البطاريق في إحدى المحميات في أفريقيا، يلتقي فيها الأسد (أليكس) بعائلته، ويحاول إثبات نسبه الملكي بالصراع مع (مكونجا)، في الوقت ذاته تكون الزرافة (ميلما) هي الطبيب الساحر الجديد، في الوقت الذي تحاول فيه البطاريق صنع طائرة جديدة للعودة إلى نيويورك.
هُزم كريس في الكاراتيه على يد دانيال ومياجي وهو في حالة يرثي لها، ويسعى لمقابلة تيري صديقه في حرب فيتنام ورجل الأعمال وخبير فنون القتال الذي لا يرحم ويتعهد تيري بمساعدة كريس من أجل الانتقام وإعادة تأسيس كوبرا كاي.