서부 개척시대 이전인 19세기 아메리카 대륙, 전설적인 모피 사냥꾼인 휴 글래스 는 아들 호크를 데리고 동료들과 함께 사냥하던 중 회색곰에게 습격 당해 사지가 찢긴다. 하지만 돈에 눈이 먼 비정한 동료 존 피츠 제럴드 는 아직 살아 있는 휴를 죽이려 하고, 아들 호크가 이에 저항하자 호크마저 죽인 채 숨이 붙어 있는 휴를 땅에 묻고 떠난다. 눈 앞에서 하나뿐인 아들의 죽음을 목격한 휴는 처절한 복수를 위해 부상 입은 몸으로 배신자 존 피츠제럴드의 뒤를 쫓아 300km가 넘는 광활하고 거친 야생에서 인간의 한계에 도전하는데...

위그스가 이끄는 모르몬교도들의 마차 행렬이 크리스털 시티에 도착한다. 모르몬교도들은 위그스를 대신해 목적지인 유타주의 산 후안까지 그들의 마차를 이끌어줄 마스터를 다시 구해야만 한다. 그런데 마을 사람들이 모르몬교도들을 못마땅해 하고, 결국 모르몬교도들은 마을에서 쫓겨나게 된다. 다행스럽게도 말 거래상인 트레비스와 샌디가 교도들의 왜건 마스터 자리를 맡기로 한다. 황량한 사막지대를 지나던 도중, 트레비스의 마차 행렬은 캘리포니아로 향하던 닥터 홀의 약장수 쇼단과 합류하게 된다. 얼마 후, 크리스털 시티에서 탈주한 강도단 클레그 일당과 마주치며 마차 행렬은 위험에 빠진다. 두 방랑자가 박해를 피해 정착할 땅을 찾아 떠나는 모르몬교도들의 길안내를 맡으며 겪는 갖가지 위험과 도덕적 갈등을 헤쳐가는 과정을 그리면서 공동체 생성의 근원, 평화주의와 폭력적 대립 등에 대해 탐구한다.

1866년, 금이 발견되자 미 육군은 이전 조약에 의해 수족에게 양도된 영토에 도로와 요새를 건설한다. 개척단원 짐 브리저(반 헤플린)는 블랙 케틀 추장의 딸이자 죽은 아내의 여동생인 수족 여인과 함께 일촉즉발 상태인 수족 추장 레드 클라우드와의 전면전을 막기 위해 애쓰는데...

5년 동안 미국의 보호 연방 지역에서 저항하는 인디언들과 이들의 두목 제로니모 체포작전에 데이비스 소위(맷 데이먼)와 게이트우드 중위(제이슨 패트릭)가 파견된다. 제로니모(웨스 스투디) 는 인디언에 대해 편견을 가지지 않은 두 사람을 신뢰한다. 잠시 잠잠한 듯하더니 파견중인 군대가 싸움을 부추기는 무당을 죽이는 사건이 발생한다. 두 장교와의 약속을 어기고 인디언들을 데리고 다시 잠적해버리는 제로니모. 많은 인디언들을 데리고 다니던 제로니모는 식량을 약탈하기 시작한다. 데이비스와 게이트우드가 최종협상을 시도하지만 제로니모는 이를 거절한다. 책임을 느낀 크룩 장군(진 헤크먼)은 사직하고 후임으로 마일스 장군(케빈 티게)이 부임한다. 마일스는 케이트웃한테 아파치의 생계 보장을 조건으로 제로니모를 마지막으로 설득시킬 것을 명령한다. 제로니모는 케이트웃을 만나자 더이상 싸울 수 없음을 예감한다. 1886년 9월 5일 마침내 제로니모는 35명의 아파치를 이끌고 연방군에 투항하는데...

악마 같은 석유 재벌이 인디언들의 땅을 빼앗으려 하자 분노한 추장은 전사들에게 처음 눈에 띄는 백인을 죽이라 명한다. 마침 그들의 땅을 지나던 버스터가 전사들에게 붙잡히고 만다. (2015 영화의 전당 - 버스터 키튼 탄생 120주년 특별전)

아파치족 인디언 마사이는 족장 제로니모가 백인들에게 항복한 후 부족의 다른 전사들과 함께 플로리다로 강제 압송된다. 끝까지 투쟁을 포기하지 않은 마사이는 도중에 탈출하여 부족에게 돌아가는데, 여행 도중 오클라호마에서 체로키 인디언들이 백인들과 동등하게 살고 있는 모습을 보게 된다. 마사이는 체로키 인디언이 준 옥수수 씨앗을 들고 부족들에게 새로운 삶을 설득하려 하지만 술에 찌들어 타락한 새족장 산토스는 그를 미군들에게 넘겨버린다. 다시 탈출한 마사이는 산토스의 딸 나린레를 납치하여 도망간다. 예전부터 그를 사랑하던 나린레는 마사이와 함께 산속에서의 생활을 시작하고, 두 사람은 옥수수 밭을 일구며 새삶을 준비한다.

1821년, 영국 귀족 존 모간 경(Lord John Morgan)은 미국 평원 지대 다고타 지역(Dakota Territory)으로 사냥을 나왔다가 수오족(Sioux Nation)의 한 부족인 노란손 부족(Yellew Hands)에 체포되어 노예가 된다. 그는 노예로서 말(Horse)이라는 뜻의 숀카와칸(Shunkawakan)이라는 이름을 가지게 된다. 숀카와칸의 용맹에 탄복한 노란손 부족들은 그들 동족으로 인정한다. 그리하여 숀카와칸은 돌아갈 때까지 5년 동안 노란손 부족들과 함께 살며 영적인 삶을 체험하게 된다. 신비스럽고 평화로운 인디언의 정신 세계를 접했었던 존 모간은 영국에서 돌아온 뒤 서구 문명의 무상함을 느껴 끝내는 마음의 평정을 되찾기 위해 노란손 부족이 살던 곳으로 돌아온다. 그러나 노란손 부족은 백인들한테 사주를 받은 릭크족에게 기습을 당해 몇몇 생존자만 간신히 남아 도주한 사실을 발견한다. 모간은 노란손 부족의 땅을 되찾아주기 위해 지략을 발휘하기로 마음을 먹는데...