On olemas kaks reaalsust: see, milles me päevast päeva elame, ja teine, mis asub selle taga. Neo otsib tõde Matrixi kohta, millest ta on kuulnud vaid arglikke sosinaid ja kuulujutte. See on midagi salapärast ja ohtlikku ning Neo on kindel, et see kontrollib kõigi inimeste elusid. Ta usub, et Morpheus, keda peetakse kõige ohtlikumaks meheks maailmas, on just see, kes suudaks anda vastuse küsimusele: mis on Matrix?
Monsters, Inc. on koletismaailma suurim hirmutav ettevõte ja James P. Sullivan on üks selle parimatest hirmutavatest inimestest. Sullivan on violetste täppidega kaetud sinise nahaga kaetud imeline tegelane, kes kannab kahte sarve ja keda tema sõbrad kutsuvad Sulleyks. Tema abivallavanem Mike Wazowski, aga ka parim sõber ja toakaaslane, on roheline, kangekaelne, ühe silmaga ja väga naljakas koletis. Laste hirmutamine pole nii lihtne töö, kuna koletised usuvad, et nad on väga mürgised ega saa nendega kuidagi kokku puutuda. Eklektiliste castingute hulgas on ka ettevõtte president ja tegevjuht, krabikujuline koletis nimega Henry J. Waternoose, vastuvõtuga tegelev Celia, jumalik madupeaga koletis ja sarkastiline kameeleon Randall Boggs, kes soovib parima meesterahva tiitli endale napsata. alates Sulley.
Masinad palaanivad rünnata Zeoni, ainukest linna, kus on veel inimesi. Matrixisse ilmub tagasi eelmises osas hävitatud programm Smith (Hugo Weaving), mis on leidnud võimaluse ennast paljundada.
Vaesest perest pärit Charlie (Freddie Highmore) veedab enamuse enda ajast unistades šokolaadist, mida ta aga osta ei jaksa. Tema elu aga muutub, kui suure šokolaaditööstuse ülem Willy Viltune (Johnny Depp) teatab, et üle terve riigi on saadetud viis šokolaaditahvlit, milles paikneb "kuldne pilet". Selle pileti omanikud saavad tasuta ringreisi koos Willy-ga tema vabrikus ning Charlie selle pileti leiabki. Kuid käik vabrikus tuleb küllaltki üllatusterohke, kuna ülejäänud neli last osutuvad küllaltki õelateks.
Masinad jõuavad viimaks Zeoni. Algab lahing maa saatuse üle. Samal ajal on programm Smith (Hugo Weaving) Matrixi hävingu äärele viinud. Neo (Keanu Reeves) läheb masinate linna, et seal masinatele ettepanek teha: Tema hävitab Programm Smithi, kui masinad nõustuvad inimestega rahu tegema.