Računalniški heker Neo odkrije pretresljivo resnico: življenje, kakršnega pozna, je digitalna simulacija, ki jo vodi zlobna kiber-inteligenca. Pridruži se odporniškemu gibanju, ki se trudi uničiti iluzijo sveta, v katerem so ljudje sužnji.

Sedemčlanska posadka vesoljske ladje Nostromo se s tovorom vrača na Zemljo. Iz umetne hibernacije jih zbudi ladijski računalnik, ki je zaznal signal, oddan z bližnjega planeta. Signal je šifriran, vendar domnevajo, da gre za klic v sili, zato se trojica s kapitanom Dallasom na čelu odpravi poiskat njegov vir. Na planetu najdejo ostanke ogromnega nezemeljskega plovila, v njem pa velikansko truplo pilota, ki mu je prsni koš eksplodiral od znotraj. Medtem na ladji delno dešifrirajo signal, za katerega se izkaže, da je najverjetneje opozorilo. Globlje v plovilu najde častnik Kane ogromen prostor, v njem pa stotine nenavadnih jajc. Med natančnejšim pregledom iz enega skoči neznano bitje, mu stopi skafander in se mu prisesa na obraz...

Film je postavljen nekaj stoletij v prihodnost, v Iron Cityju, kjer zapuščeno Alito nezavedno najde simpatični kiber zdravnik Ido, ki jo pripelje na svojo kliniko. Ko se Alita zbudi, se ne spomni, kdo je, niti ne prepozna sveta, v katerem je. Aliti je vse novo, vsaka izkušnja je na prvem mestu. Ko se nauči krmariti po svojem novem življenju in ulicah železnega mesta, jo Iro skuša zaščititi pred svojo skrivnostno preteklostjo, medtem ko ji njen novi ulični prijatelj Hugo poskuša pomagati, da se spomni svoje preteklosti. Med njima se razvija vse večja navala, dokler po Alito ne pridejo smrtonosne sile in ne prekinejo njenega novega odnosa. Nato Alita odkrije, da ima izredne borilne veščine, ki jih lahko uporabi za reševanje svojih ljubljenih. Odločena, da bo odkrila resnico o svojem izvoru, se Alita poda na pot, ki jo bo vodila v boju proti krivicam tega temačnega, pokvarjenega sveta.

Johnny Rico se prostovoljno javi v vojsko, da bi osvojil srce očarljive Carmen Ibanez. Ko se med urjenjem zgodi tragična nesreča, Johnny spozna, da se je vojski pridružil zaradi napačnih razlogov. Ko hoče vojsko zapustiti, Zemljo napadejo orjaške žuželke, ki njegovo rojstno mesto zravnajo s tlemi. Zaradi smrti svoje družine in prijateljev se Johnnyjeva žalost prelevi v jezo in odloči se, da bo ostal v vojski ter se boril proti žuželkam. S svojo enoto odpotuje na oddaljene planete, da bi se boril proti neusmiljenemu sovražniku.

Borci za svobodo Neo, Trinity in Morpheus se še naprej upirajo vojski digitalnih strojev z umetno inteligenco. Da bi preprečili iztrebljenje človeštva, morajo še bolje spoznati Matrico in ključno Neovo vlogo v igri za usodo sveta.

V zaključku trilogije "Matrica" se Neo (Keanu Reeves), Morpheus (Laurence Fishburne) in Trinity (Carrie-Anne Moss) borijo, da bi zadnje človeško mesto Sion ubranili pred ubijalskimi stroji, ki so si podjarmili in zasužnjili človeštvo.

V apokaliptičnem svetu bližnje prihodnosti, kjer stroji pod vodstvom inteligentnega računalniškega omrežja Skynet neusmiljeno iztrebljajo človeštvo, skuša odločni John Connor sprejeti vlogo odrešenika, ki mu je bila usojena. Čeprav med soborci uživa veliko spoštovanje, mu vodje odpora ne zaupajo, vojna z uničujočimi ubijalskimi stroji pa postaja vse bolj brezupna. Za novo negotovost poskrbi skrivnostni Marcus, nekdanji obsojenec na smrt, ki je morda zadnje upanje človeštva, toda svoje poslanstvo lahko opravi šele, ko mu uspe pridobiti zaupanje skeptičnega Johna.