یک گروه تروریستی که اصل عملکرد آن‌ها بر روی اینترنت است وارد به مرکز کنترل کل نیویورک شده و به نوعی تمام تلویزیون، آب و برق و گاز و مخابرات شهر را تحت کنترل خود در می‌آورد و دیگر هرگونه عکس‌العمل را از دیگران سلب می‌کند. افسر پلیس «جان مکلین» به همراه هکر جوانی سعی در نفوذ در این گروه و جلوگیری از خراب کاری‌های این گروه را دارد.
فیلم اساسینز کرید، داستان مردی به نام کالوم لینچ را روایت می‌کند که می‌فهمد جدش آگیلار در قرن ۱۵ و در اسپانیا عضو حشاشین بوده‌است و با گروهی معروف به تمپلارها می‌جنگیده‌است. به او گفته می‌شود که تمپلارها در جستجوی سیب عدن هستند که حاوی کد ژنتیکی ارادهٔ آزاد در انسان است و توسط آن قادر به کنترل نسل بشر خواهند شد. برای همین کالوم را به کار می‌گیرند تا با استفاده از حافظهٔ ژنتیکی‌اش به حافظهٔ آگیلار دست یابند که آخرین کسی بوده که سیب عدن را در اختیار داشته تا بفهمند سیب عدن کجاست. کالوم اما در اثر این تجربه، مهارت‌ها و فنون جنگی آگیلار را یادمی‌گیرد و در دوراهی ادامهٔ راهش یا همکاری با دشمنانش قرار می‌گیرد.