Rämäpäinen Pazu pelastaa taivaalta alas leijuvan Sheeta tytön. Kaivoskaupungissa apupoikana huseeraava Pazu unelmoi lentämisestä. Sheeta kantaa kaulassaan kiviriipusta, joka näyttäisi kumoavan painovoiman, joten nuorten unelmilla näyttäisi olevan sama suunta ja päämäärä. Sheeta vain on tietämättään salaperäisen taivaalla leijuvan Laputa -linnan kruununperillinen.
Tämä toimintaa pursuava seikkailu esittelee Mewtwon, joka on luotu harvinaisimman Pokémonin, Mew’n, DNA:sta. Mewtwo aikoo todistaa olevansa paras ja houkuttelee Ashin, Pikachun ja muut ennennäkemättömään Pokémon-matsiin. Mewtwo vastaan Mew, superkloonit vastaan Pokémon. Kaikkien aikojen mittelö, jonka panoksena on koko maailman tulevaisuus!
Viktoriaaniseen Englantiin sijoittuvat tapahtumat kertovat Rei- nimisestä nuorestatiedemiehestä. Ensimmäinen maailmannäyttely on ovella, kun Rei saa yllättävän lahjanisoisältään, Roidilta. Höyrypallo, jonka Roid on lähettänyt Reille, pitää sisälläänuskomattomia voimia. Nämä voimat voivat olla hyvin tuhoisia väärissä käsissä, joitaedustaa höyrypalloa tavoitteleva häikäilemätön ja salaperäinen Ohara Foundation.
Deunan ja hänen kyborgikumppaninsa Briareos on jätetty selviytymään kolmannen maailmansodan jälkeiseen yhteiskuntaan. Palkkasotureina heidän tehtävänsä on suojella utopistisen Olympuksen kaupungin kahta asukasta ja pelastaa ihmiskunnan viimeinen toivo.