Når Mei og Satsuki flytter på landet møter de Totoro, skogens vokter. Plutselig blir hverdagen fylt av magiske eventyr sammen med den svære skogsguden! En vakker vårdag kommer en tungt lastet bil kjørende gjennom et fredelig og fargesterkt landskap. I bilen sitter ti år gamle Satsuki, den fireårige lillesøstera hennes, Mei, og faren deres. For de to søstrene er dette starten på et spennende eventyr, og de legger ikke skjul på at de håper det gamle huset de skal flytte inn i er hjemsøkt.
I dette action-eventyret møter vi for første gang Mewtwo, en Pokemon skapt ved hjelp av arvestoffer fra Mew, den legendariske Pokemon. Mewtwo er fast bestemt på å vise sin styrke, og greier å kure Ash, Picachu og de andre inn i en Pokemonkamp ingen har opplevd maken til. Mewtwo mot Mew. Super-kloningen mot Pokemon. det er det endelige oppgjør...og verden står på spill.