מסע עוצר נשימה אל לבה של האפלה. קבוצת כובשים ספרדים בהנהגתו של אגירה (קלאוס קינסקי) מגיעים לאמזונס בחיפוש אחר זהב, אך המגלומניה של אגירה הופכת את החיפוש למסע-מוות. 1100 גברים, שתי נשים, סוסים, חזירים ורובים יורדים מהאנדים אל הג'ונגלים הלוהטים, אל מקורות האמזונס, בחיפוש אחר "אל דוראדו", העיר המוזהבת האגדית. אגירה לוקח אתו את בתו בת ה-14, שאיתה הוא מתכוון להתחתן ולייסד גזע טהור חדש שישלוט באימפריה המוזהבת.
מערבון רוויזיוניסטי המתרחש על רקע מלחמת הצבא בבני שבט השאיין. לאחר שלוחמי השבט טובחים ביחידה צבאית, שני פליטים עושים דרכם למצודת הגדוד הקרוב: חייל פשוט בעל רגשות פטריוטיים ואישה שחיה במשך שנתיים עם השאיין ולמדה להעריך את דרכם.החייל, הונוס גאנט (פיטר שטראוס), נקרע בין משיכתו לקרסטה לי (קנדיס ברגן) , לדחייתו מהדעות הפוליטיות שלה.כשהשניים יגיעו למוצב,רגע לפני התקפה של הצבא על השאיין יכול מאוד להיות שהיא תצליח לשכנע אותו בטיעוניה. הסרט הושפע מהארועים סביב "טבח סאנד קריק", שביצע הצבא האמריקאי באינדיאנים משבט השאיין בשנת 1864. הסרט היכה הדים רבים בזמנו, בשל האופן בו הוצגה, לראשונה בקולנוע האמריקאי, האמת מאחורי מה שקרוי "מלחמות האינדיאנים" וכן הברוטאליות הקשה המוצגת בסצינת הסיום.
הסרט מספר את סיפורם של שני אזרחים אמריקנים, מנהיגת תנועה לאיכות הסביבה ועיתונאי חוקר, המנסים להציל את יערות הגשם בבוליביה וללכת נגד חוקי משטר אפל וכנגד כל הסיכויים.