Strani avvenimenti accadono al largo delle coste del Giappone: alcune navi esplodono e affondano senza apparente motivo. L’epicentro del fenomeno sembra essere nell’isola di Odo. Una notte, qualcosa emerge dall’acqua e semina morte e terrore sull’isola. Una spedizione scopre il responsabile di tutto questo: Godzilla, un gigantesco essere preistorico, che comincia a distruggere alla luce del sole, puntando direttamente al cuore del Giappone.

A causa di un errore, un virus letale si è diffuso all'interno di un sofisticato centro di sperimentazione biologico sotterraneo chiamato L'alveare. 'La Regina Rossa', l'intelligenza artificiale che governa i sistemi di sicurezza del centro, ha bloccato tutte le uscite del bunker causando la morte di centinaia di dipendenti. E' ora compito di un'avanzata squadra speciale tentare di isolare il computer principale e cercare di capire quello che è realmente successo. Ma la Regina Rossa non sarà l'unico ostacolo che si troveranno a dover superare.

Alice, che a seguito di una manipolazione biogenetica ha acquisito poteri fuori dal comune, scopre che gli zombie sanguinari che aveva combattuto sono tornati nella città che circonda la sede segreta dell'Umbrella Corporation. Con un piccolo gruppo di persone non infette, si prepara a dar battaglia per la seconda volta alle terribili creature.

Jeff e Diane sono giovani e pieni di speranza per il futuro, e sono in vacanza insieme, felici di esserlo. La felicità si spegne il giorno in cui Diane sparisce misteriosamente senza lasciar traccia. Tre anni dopo, la polizia è ancora in alto mare: Diane non è mai stata ritrovata, ma Jeff non si da per vinto e continua a cercarla...

In attesa di soccorsi su un'isola deserta, due uomini assistono al combattimento tra Godzilla e un altro mostro preistorico. I due uomini fanno giusto in tempo a fotografare le due creature prima che precipitino in mare. Le foto vengono consegnate al professor Yamane, che riconosce nell'avversario di Godzilla un Anchilosauro probabilmente mutato anch'esso dalle radiazioni, che viene battezzato Angilas. I due mostri riemergono ad Osaka, trasformandola in un campo di battaglia sotto i colpi dell'esercito...

Da cento anni la cittadina di Rockwell Falls in Colorado ha sempre lo stesso numero di abitanti, 436. Più una coincidenza molto strana sulla quale viene inviato ad indagare un funzionario addetto al censimento. Giunto nel piccolo villaggio tra i boschi l'uomo scoprirà che dietro quell'atmosfera idilliaca si nasconde un terribile segreto: nessuno lascia Rockwell Falls, mai.