Priča počinje nestankom privatnog istražitelja Harryja Goodmana, kada njegov 21-godišnji sin Tim pokuša saznati što se zapravo dogodilo. U istrazi će mu pomoći Harryjev bivši Pokémon partner, detektiv Pikachu, koji ima najčudniji smisao za humor. Tim i Pikachu će udružiti snage kako bi razotkrili zapetljanu tajnu. U potrazi za tragovima u suvremenoj metropoli u kojoj žive ljudi i Pokémoni, susreću se s raznolikim likovima te otkrivaju šokantnu tajnu koja bi mogla uništiti cijeli Pokémon svijet.
Haker Kevin Flynn mladi je računalni programer ENVOM korporacije. On pokušava probiti računalni sustav tvrtke kako bi došao do podataka o računalnim igrama koje su trvtku lansirale na tron industrije. Kevin zna da je njegov šef ukrao software njegovih igara no želi to i dokazati. Uz pomoć prijatelja Lore i Alana, Kevin mora smisliti kako nadvladati "Master Control Program", umjetnu inteligenciju koja čuva sve podatke. Kevin slučajno prijeđe u računalni kod gdje je prisilje sudjelovati u opasnim igrama unutarnjeg svijeta. Njegove šanse porastu kada sretne Trona - Alanovu računalnu projekciju.
Preživjele članove triju legendarnih borbenih klanova zla sila odvodi u druge dimenzije. Kako borci ulaze u svaki novi svijet, oni se bore protiv domaćih branitelja tog svemira, dok sila koja ih je pozvala traži način da napadne i zarazi naš svijet. Akcijski film se temelji na video igri "King of Fighters".