شخصیتهای بازی وارد تورنمنت بزرگی میشوند که توسط کاراکتر شنگ سونگ (Shang Tsung) برگزار میشود…
دو برادر به نامهای سام و ناتان (ملقب به نِیت) هنگام تلاش برای دزدیدن یک نقشه باستانی توسط نگهبان موزه دستگیر میشوند. یتیمخانهای که از دو برادر نگهداری میکند، میخواهد سام را تحویل پلیس بدهد. به همین دلیل او تصمیم میگیرد فرار کند ولی به نیت قول میدهد که او را پیدا خواهد کرد و برای یادگاری، حلقه و نوشتهای را به برادر میدهد. ۱۵ سال میگذرد و نیت که حالا در باری در نیویورک کار میکند، با ویکتور سالیون روبهرو میشود؛ شکارچی گنجی که نیت را برای مأموریتی بزرگ استخدام میکند و به او قول دیدار با برادرش سام را میدهد.
فیلم اساسینز کرید، داستان مردی به نام کالوم لینچ را روایت میکند که میفهمد جدش آگیلار در قرن ۱۵ و در اسپانیا عضو حشاشین بودهاست و با گروهی معروف به تمپلارها میجنگیدهاست. به او گفته میشود که تمپلارها در جستجوی سیب عدن هستند که حاوی کد ژنتیکی ارادهٔ آزاد در انسان است و توسط آن قادر به کنترل نسل بشر خواهند شد. برای همین کالوم را به کار میگیرند تا با استفاده از حافظهٔ ژنتیکیاش به حافظهٔ آگیلار دست یابند که آخرین کسی بوده که سیب عدن را در اختیار داشته تا بفهمند سیب عدن کجاست. کالوم اما در اثر این تجربه، مهارتها و فنون جنگی آگیلار را یادمیگیرد و در دوراهی ادامهٔ راهش یا همکاری با دشمنانش قرار میگیرد.