우주 깡패 집단인 너드럭스 괴물들이 잔인하고 호전적인 대장 스와크 해머의 명령으로 지구에 내려온다. 그들의 목적은 루니 튠즈를 유괴하여 모론 마운틴으로 옮겨 놓는 것이다. 스와크해머는 너드럭스 괴물들의 따분한 항성에 놀이동산을 만드려는 속셈을 갖고 있었던 것이다. 벅스 바니는 겉으론 왜소하기 짝이 없는 이들 외계인들과 농구 토너먼트 대결을 펼쳐야 한다. 루니 튠즈가 이기면 그들은 온전히 지구에 남게 되지만 만약 외계인이 이기면 벅스와 친구들은 스와크 해머의 손아귀에 들어가야 한다. 무슨 기술이든 순식간에 습득하는 너드럭스의 비밀 기술을 간파하지 못한 벅스는 왜소한 외계인들을 우습게 보고 농구시합을 제의한 것이다. 너드럭스는 찰스 버클리, 패트릭 유잉, 먹시 보거스, 레리 존슨과 숀 브레들리 같은 NBA 수퍼스타들의 농구 실력을 모두 빨아들인 후 강력하고 스피디한 몬스터 팀으로 돌변해 버린다. 뒤늦게야 적들의 실체를 알아 차린 벅스는 도움이 필요하다고 판단한다. 하지만 누굴 찾아 가야 한단말인가? 쟁쟁하던 농구 스타들이 자신들의 실력을 모두 뺏겨버린 마당에 말이다. 그런데 단 한명. 가장 '화려했던 농구스타 마이클 조던이 농구계를 떠나 야구 선수로 간신히 버티고 있지 않은가!

부모를 잃은 4마리의 거북이들과 늙은 쥐 한 마리가 하수구로 흘러들어온 방사능 물질로 인해 사람의 형태와 지능을 갖게된다. 순진하고 재치있는 레오나르도, 미켈란젤로, 도나텔로, 라파엘로로 구성된 4마리의 거북이들은 하수구에 숨어 살며 뉴욕시의 평화를 위해 고군분투한다. 한편 뉴욕에서 벌어지는 소리 없는 범죄를 보도하는 기자 에이프릴은 이 범죄의 피해자가 될 뻔 하였지만 닌자거북이들의 도움으로 위기를 탈출한다. 그들이 사람처럼 변한 이유와 그동안 하수구에 숨어 살아온 이야기를 나누며 에이프릴과 닌자거북이들은 급속도로 가까운 친구사이가 된다. 한편 그녀를 주시하던 소리 없는 범죄 조직 더풋은 그녀의 아파트로 총공격을 개시하는데…

에이프릴의 방송을 보던 중, 거북이들은 자신들이 태어나게 된 원인에 대해서 알 수 있는 단서를 얻는다. 그리고 거북이들은 사부인 스플린터의 말에 따라 그것의 원인이 되었던 TGRI를 찾아가 그 물질을 손에 넣으려 하지만 실패하고, 자신들의 근원에 대해 알 수 있는 것을 놓쳐 낙심하게 된다. 그러던 중 피자배달부인 케노 덕분에 더 풋의 본거지를 알게 되고 그곳을 찾아가는 데, 그곳에서 생각지도 못한 인물을 만나게 되는데...

발레리 데일은 캘리포니아의 샌 페르난도 계곡에 사는 젊고 예쁜 매니큐어리스트. 그녀의 약혼자인 의사 테드 갤러거 박사는 웬일인지 요즘 들어 딴 생각을 할 때가 많아졌다. 발레리는 친구이자 미용실 주인인 캔디 핑크에게 상의하고, 변신을 시도한다. 출장 약속을 취소하고 새로운 모습으로 테드를 기다리던 발레리는 그가 병원의 간호사에게 관심이 있다는 것을 알고 집에서 내쫓아 버린다. 다음날 아침 슬픔에 잠겨 수영하고 있는 발레리의 모습을 지보, 맥, 위플락이라는 외계인들이 비행 접시에서 지켜보다가 정신을 잃는 바람에 우주선이 수영장에 빠져 버린다. 게다가 발레리의 실수로 우주선에 물이 들어가 별 수 없이 물이 마르는 이틀동안 외계인과 함께 보내게 된 발레리는 이들의 털투성이 모습을 감추기 위해 캔디에게 부탁하는데...

거북이들을 위해 여행선물로 골동품을 사온 에이프릴, 그 중에서 용도를 알 수 없는 물건이 있어 만지던 중 에이프릴이 사라진다. 대신 나타난 것은 켄신이라는 일본 막부시대의 영주 아들로 자신이 일본에서 온 것이라고 말해준다. 막부시대 일본으로 간 에이프릴은 마녀로 몰려 투옥된다. 거북이들은 에이프릴를 구하기 위하여 과거로 향하고, 그곳에 도착하자마자 라파엘과 나머지 셋은 갈라져 에이프릴을 찾기는 커녕 자신들마저 뿔뿔이 흩어지는데...