הסרט עוקב אחרי אנדי, שנדחף על ידי המנטור הקודם שלו לשוב בתור יועץ למחנה שבו היה בנערותו, על מנת להצית את הקריירה שלו בחזרה.
כאשר ג'רי חש עצב רב על שעליו לחכות עוד שנה שלמה כדי לראות שוב את "מפצח האגוזים", מתחולל קסם, וג'רי הופך להיות מלך העכברים. באותו זמן, מלך החתולים מנסה להשמיד את ג'רי ולכך שולח את עבדו הנאמן טים... (סליחה, טום) כאשר מלך החתולים חוטף את הבלרינה, על ג'רי להצילה מידו האכזרית של מלך החתולים. סרט חדש ונחמד, שכולו מחווה יוצאת מן הכלל ל-"מפצח האגוזים" האגדי.
מרגלי-על לא נולדים, הם בוקעים! גלו את הסודות של הציפורים הסמויות הגדולות ביותר והמצחיקות ביותר בעסקי הריגול העולמיים: סקיפר, קובלסקי, ריקו ופריווט. הם האליטה של האליטה והם מאחדים כוחות עם ארגון חשאי אשר מונהג ע"י סוכן נאה וסודי. יחד, הם חייבים לעצור את ד"ר אוקטביוס בריין הנבזה מלהרוס את העולם כפי שאנו מכירים אותו.