Hattukaupan Sophie kohtaa sattumalta kaunottaria viettelevän turhamaisen velhon nimeltä Hauru. Nuori neito nostattaa Turhamaisuuden velhon kateuden ja joutuu tämän noitumana kokemaan, millaista on elää 90-vuotiaana. Noituuden salatakseen Sophie jättää entisen elämänsä – ja päätyy taloudenhoitajaksi Haurun liikkuvaan linnaan.
Marnien tarina sijoittuu Japanin pohjoiselle Hokkaidon saarelle. 12-vuotias Anna on tätinsä talossa asuva ujo orpotyttö. Yhtenä iltana Anna löytää aution rantahuvilan, jonka ikkunassa vilahtaa hahmo. Kun tyttö nimeltä Marnie eräänä yönä hiipii ulos huvilasta, alkaa ainutlaatuinen ystävyys.
Kaiken pahan alku ja juuri Paprikassa on laite, jolla on mahdollista sukeltaa suoraan ihmisten uniin ja samalla vaikuttaa niihin. Kun salaperäinen taho varastaa laitteen ja rupeaa tekemään tuhojaan unimaailmassa, käy vähitellen selväksi, että peliä pelataan tällä kertaa isoilla panoksilla. Ainoa toivo lienee tohtori Chiba Atsuko, joka unimaailman siirtyessään ottaa nokkelan, kauniin ja kyvykkään Paprikan hahmon. Mutta tämä uhka saattaa olla liikaa jopa jokapojan unelmien naiselle.