Snake Eyes tas i mot i den japanske klanen Arashikage etter å ha reddet arvingen deres Storm Shadow, og slutter seg nå til kampen mot terroristgruppen Cobra. Under maksimalt press vil Snake Eyes utvikle seg til den ultimate krigeren.

Når agenten Neil Shaw, etter å ha ligget i skjul kommer tilbake for å hevne mordet på sin mentor, kommer han på sporet av både svik og dødelig korrupsjon. Under sin venn og senatorkandidats kommando, blir hans oppgave å rette opp situasjonen. Men når flere personer dør, forstår Shaw at han er blitt lurt. Nå setter han hardt mot hardt for å løse mordkomplottet som alle tror han står bak. Den politiske heten stiger for hvert sekund i dette actionspekkede kampsporteventyret!