Kun kaikki Megasakin kaupungin lemmikkikoirat karkotetaan Kaatopaikkasaarelle, Atari kaappaa juniorilentokoneen ja lentää saarelle etsiäkseen henkivartijakoiransa Spotsin. Saarella hän ja hänen uudet sekarotuiset ystävänsä aloittavat eeppisen seikkailun, joka tulee määrittämään koko kaupungin kohtalon ja tulevaisuuden.
Hoggetin tilalla on kaikki tuttua ja turvallista. Eläimillä on omat paikkansa ja askareensa. Eräänä päivänä taloon tulee Babe, pieni urhea possu. Babe pääsee lammaskoira Flyn pentujen joukkoon ja pian Babe luulee itsekin olevansa koira. Kohtelias pikku possu tekee lampaisiin hyvän vaikutuksen. Lopulta isäntäkin vakuuttuu Baben lahjakkuudesta ja ilmoittaa possun suureen lammaskoirakilpailuun. Yleisön haukkoessa henkeään astelee areenalle pieni possu...
Tässä riemukkaassa seikkailussa Lumipallo, täplätön dalmatialaispentu, lähtee etsimään sille kuuluvia täpliä. Se yhdistää voimansa Papusen, letkauttelevan ja harhaluuloisen arapapukaijan kanssa, joka kuvittelee olevansa rottweiler. Tämä erikoinen kaksikko johtaa pentuporukan päihittämään häijyn ja alati juonivan Cruella De Vilin (suomenkielinen ääni Irina Milan). Takaa-ajoja, läheltä piti -tilanteita, hauskoja temppuja ja uskaliaita pakoja täynnä oleva seikkailu käynnistyy Lontoon kaduilta ja päättyy jännittävästi pariisilaiskahvilassa.
Tässä Beethovenin jatko-osassa Beethovenista tulee ylpeä isä, kun Beethoven ja tämän unelmien narttu Missy lyövät hynttyyt yhteen. Valitettavasti vain Missyn omistaja Regina aikoo itsekkäästi käyttää pentuja aseena eroa kaavaillessaan. Newtonin perheen lapset eivät jää tumput suorina seisomaan pentujen ollessa uhattuina vaan päättävät pelastaa ne! Mutta onnistuvatko neuvokkaat tenavat? Entä miten käy pentujen äidille, Missylle? Beethoven on valmis laittamaan kaiken pelin yhdistääkseen perheensä jälleen saman katon alle....