საშუალო სკოლის ორი სრულიად განსხვავებული მოსწავლე, გადაწყვიტავს ფარულად წავიდეს მუსიკალურ მოსმენაზე, რაც მთელ მათ ცხოვრებას და სკოლასაც თავდაყირა აყენებს!
ალექსი, მარტი და ზოოპარკის სხვა ცხოველები პოულობენ მადაგასკარიდან თავის დაღწევის გზას, როდესაც პინგვინები აწყობენ დანგრეულ თვითმფრინავს. არასტაბილურად გარემონტებული ხომალდი ჰაერში იმდენ ხანს რჩება, რომ აფრიკის კონტინენტზე მოხვდეს. იქ ნიუ-იორკელები პირველად ხვდებიან საკუთარი სახეობის წარმომადგენლებს. აფრიკა ველური ადგილია, მაგრამ ალექსს და კომპანიას აინტერესებთ, უკეთესია თუ არა ის, ვიდრე ცენტრალური პარკის სახლი.