A história de Persona 3 realiza-se em uma cidade japonesa moderna, construída e financiada pela Kirijo Corporation. Devido aos acontecimentos ocorridos no passado, há uma "Dark Hour": um período de tempo que existe entre a meia-noite e o próximo dia que só poucas pessoas podem ver; aqueles que não estão conscientes se encontram congelados em caixões. A Dark Hour traz a curva da realidade; a Gekkoukan High School, onde a maioria dos personagens frequentam a escola durante o dia, à noite se torna um enorme torre com labirintos chamada "Tartarus", que possui bestas chamadas Shadows que estão à vagar e proteger certas áreas, às que se encontram fora do Tartarus, predam sobre as mentes das pessoas ainda consciente durante esse tempo, deixando as vítimas em estado quase catatônico fora da Dark Hour.

A história decorre seis meses após os eventos originais do mangá Yu-Gi-Oh!, Mutou Yugi e seus amigos estão no último ano do ensino médio e conversam sobre o que irão fazer no futuro. Enquanto isso, Kaiba Seto comanda uma escavação para recuperar as peças do Quebra-Cabeça do Milênio das ruínas da câmara do Milênio. A relíquia anteriormente continha a alma de seu rival, Atem, que ele espera ressuscitar para o enfrentar. A escavação é interrompida por um homem misterioso, que enfrenta Kaiba numa partida de Monstros de Duelo e rouba duas peças do Quebra-Cabeça. Qual é seu verdadeiro motivo? As apostas nunca estiveram tão altas; as rivalidades nunca tão ferozes; os riscos nunca tão grandes.

Uma nave espacial embarca na sua primeira missão para colonizar Marte. Durante a longa viagem descobre-se que uma das astronautas está grávida. Já em Marte, ela morre devido a complicações no parto do primeiro humano nascido no planeta vermelho – nunca tendo chegado a revelar quem é o pai do seu filho. Aqui começa a extraordinária vida de Gardner Elliot – um menino curioso e altamente inteligente que atinge os 16 anos apenas conhecendo 14 pessoas no seu ambiente pouco convencional.

Tai e os seus amigos são assombrados pela infeção que resultou na destruição de Leomon. Agora, todos os Digimon estão em quarentena, na esperança de que as respostas possam ser encontradas e a infeção possa ser interrompida.

Quando Gnomeu e Julieta chegam à cidade com os seus amigos e família, a principal preocupação é preparar o novo jardim para a primavera. Mas, de um momento para o outro, alguém começa a raptar os gnomos de todos os jardins de Londres. Um dia, ao regressarem ao jardim, Gnomeu e Julieta percebem que todos os seus amigos desapareceram. Só existe um gnomo que pode ajudar! O seu nome é: Sherlock Gnomes! O famoso detective e protector oficial dos gnomos dos jardins de Londres chega com o seu ajudante Watson para investigar o caso. O mistério leva os gnomos numa divertida aventura onde irão conhecer novos ornamentos e explorar uma zona desconhecida da cidade.

Após cinco anos da catastrófica passagem do Sharknado pela Costa Leste dos Estados Unidos, Fin, sua família e os cosmos estão finalmente livres dos Sharknados, mas agora tubarões e tornados estão retornando em lugares (e formas) completamente inesperados.