평화로운 세계에서 보내는 이들의 일상은 굉음과 함께 무너지기 시작했다. 위기의 순간, 말을 건네는 그리드맨. “이 세계의 밸런스가 무너지려 하고 있다.” 릿카에 대한 마음을 간직한 채, 유타의 비일상이 시작된다.

1999년, 대특수생물자위대 일명 특생자위대는 상륙한 고질라를 레이저포로 처치하려 하지만, 완패 당한다. 그러던 중 이에시로 아카네는 자신의 실수로 상관인 하야마가 죽자 변명도 하지 않고 자료과로의 이동을 감수한다. 한편, 정부는 고질라 살상용 병기 개발에 착수한다. 그리고 각계의 전문가들을 모아 1954년에 사망한 고질라의 뼈를 바탕으로 생체 로봇 제조에 들어간다. 그리고, 2003년 생체로봇 3호 기룡이 완성되자 특생자위대 안에 기룡대가 결성된다. 그중에는 3년간 묵묵히 신체를 단련해 온 이애시로 아카네의 모습도 있다…3호기룡, 일명 메가고질라와 고질라의 싸움을 특수촬영을 구사하여 박력있게 그리고 있다. 메가고질라의 조종사인 과묵한 여주인공을 맡은 사쿠 유미코의 터프한 모습도 인상깊다.

1992년 유엔 G센터에서 개발된 메카고지라는 고지라와 싸웠지만 패배했다. 6500만 년 전 알에서 태어난 베이비 고지라를 미끼로 고지라를 유인하려 했지만, 라돈의 습격으로 실패했다. 결국 고지라에게 베이비를 돌려주자 고지라는 파괴를 멈추고 베이비를 데리고 바다로 갔다.

고질라 연구소의 시노다 유지와 과학잡지 기자 이치노세 유키, 그리고 시노다의 딸인 이오는 고질라가 곧 나타날 것이라고 말하며 피해를 대비한다. 그러던 어느 날, 드디어 고질라가 나타나 온갖 시설을 파괴하고 도시를 불바다로 만든다. 한편 카코시마의 바다에서 나타난 괴우주물체다 UFO로 변신하여 고질라를 공격한다. 흉칙한 모습으로 변한 UFO와 고질라는 일대 전투를 벌이게 되는데...

고지라 시리즈에 등장한 괴수들은 물론이고 토호에서 만든 바란 등의 비고지라 계열 단독작품 괴수들도 나오는 올스타전과도 같은 작품이다. 이 작품의 배경은 1999년으로 쇼와 고지라 시리즈 타임라인 상으론 마지막이라고 봐도 무방할 정도의 특징이다. 즉 이때는 메카고지라의 역습의 이후 시점을 다루는 시퀄인 셈. 물론 이미 30년 넘었긴 했지만, 당시 미니어처는 나름대로 나쁘지 않은 수준이다.

일본으로 떠나는 롭을 위한 뉴욕시내의 송별 파티장. 친구 허드는 떠나는 롭에게 전할 마지막 인사를 캠코더에 담느라 분주하다. 파티의 분위기가 무르익을 무렵, 어디선가 알 수 없는 괴성이 들려오며 파티장은 순식간에 암흑에 휩싸이고, 지진이 발생한 듯 도시 전체가 요란하게 흔들린다. 당황한 일행 중 누군가가 급히 TV를 켜자, 뉴스에서는 ‘정체불명의 거대괴물이 맨해튼 시내를 무자비하게 파괴하고 있다! 즉시 대피하라!’는 뉴스만이 반복된다. 다급히 옥상으로 올라가 바깥상황을 살펴본 롭과 일행은 처참히 파괴되어가는 도시와 ‘그 놈’이 날려버린 자유의 여신상의 머리가 길바닥에 나뒹구는 사태를 바라보며 놀라움을 금치 못한다. 절체절명의 위기 속에서 다급해진 롭은 미들타운에 사는 여자친구 베스에게 연락을 취하지만, 불통이다. 친구들의 만류에도 분류하고 롭과 일행은 베스를 구하러 미들타운으로 향하는데…

태고적에 지옥이 봉인되었다고 전해지는 바라지 유적. 그 수수께끼에 도전한 탐욕스러운 남자 구로사키(마이클 토미오카)에 의해, 그 봉인이 깨지고 만다! 세상을 지옥으로 바꾸는 염라대왕의 대부활! 그 무시무시한 힘 앞에 울트라맨 엑스의 빛이 사라져 버린다. 지구는 이대로 종말을 맞이하게 되는 것일까...? Xio 대원들은 고고학자 타마키 츠카사(요시모토 타카미)와 힘을 합친다, 결사의 각오로 자이고그 봉인의 열쇠가 되는 신비한 힘을 추적한다. 절망 속에서 츠카사의 아들 유우토(타카키 호시라이)의 어머니에 대한 강한 마음이 기적을 불러일으키는데........ 참전! 울트라맨, 울트라맨티가! 결집한 울트라 히어로들과 힘을 합쳐 사이고그와 괴수 군단에 총력전을 펼치는 시오. 사투의 불길이 지금부터 시작된다!

최후의 결전으로부터 2년 후의 지구. 평화를 되찾은 줄 알았던 지구에 다시 괴수가 출몰한다. 같은 시기에 세계 각지에서 잇따르는 초고대 유적 침입 사건. 토키오카 신대장(연기: 나카무라 유이치)을 영입한 전문가 팀 'GUTS-SELECT'는 '라이러'라는 이름의 괴수 일당을 확보하여 조사를 진행하고 있었다. 그것은 이 우주의 운명을 좌우하는 장렬한 싸움의 서막이었다. 맞서는 'GUTS-SELECT', 재빨리 달려오는 '울트라맨 제트', 그리고 그 중심에서 고군분투하는 주인공 마나카 켄고(연기: 테라사카 료가), 즉 '울트라맨 트리거'의 앞에 그림자를 이어받은 최악의 거인 '이빌트리거'가 그 흉악한 모습을 드러낸다! 모두의 웃음을 지키기 위해 울트라맨 트리거는 하루키(히로슈 히라노 역)=울트라맨 제트, 이그니스(세가이 케이 역)=트리거 다크, 그리고 신생 'GUTS-SELECT'의 멤버들과 함께 빛과 그림자의 대결전에 도전한다!

프랑켄슈타인의 세포에서 태어난 인간형 바다 짐승 가이라가 도쿄의 해안을 공격한다. 일본군이 행동을 취할 준비를 하는 동안, 가이라의 가르간투아 형제인 산다는 그의 친척을 지키기 위해 산에서 내려온다. 선과 악의 싸움이 이어지며, 형제들은 분열되고 도시는 폐허가 된다.

모스라가 사는 인펀트섬을 점령한 테러리스트들, 일명 '붉은 대나무'는 이곳을 기지로 삼고 주민들을 강제로 일을 시킨다. 바다에는 에비라랍스터가 지키고 있어서 탈출은 불가피하다. 그때 주인공 일행이 동굴에서 고지라를 발견하고 고지라 머리에 칼을 올려놓고 고지라를 깨운다 깨어난 고지라는 테러 리스트들의 기지를 파괴하고 에비라와 한판 뜬다. 그때 모스라가 돌아오고 고지라랑 협공해 에비라를 해치운다.

후지요키다이 고등학교 1학년인 아사나카 요모기는 어느 날 자신을 괴수술사라고 칭하는 수수께끼의 남자 가우마와 만나게 된다. 돌연 나타난 괴수와 거대로봇 다이나제논. 마침 현장에 있었던 미나미 유메, 야마나카 코요미, 아스카가와 치세도 함께 괴수와의 싸움에 휘말리게 되었는데...

외딴섬으로 탐험을 떠난 사람들은 원주민이 신으로 숭배하는 갓파라는 존재의 알을 발견하여 도쿄로 가지고 온다. 알이 부화한 뒤 나타난 것은 날개 달린 도마뱀의 모습이었다. 고질라와 가메라에 필적할 갓파의 국내 첫 공개.

남태평양 프렌치 폴리네시아(French Polynesi) 군도에서 프랑스는 30년간 수차례의 핵실험을 강행한다. 핵폭탄의 눈부신 섬광과 엄청난 위력에 섬에 살고 있던 파충류들과 해안에 살고 있던 각종 생물들은 거의 전멸하다시피 한다. 그후, 시간이 지나 남태평양에서 조업 중인 초대형 일본 원양어선이 침몰되어 자메이카의 해변에서 처참한 몰골로 발견되고, 파나마의 숲과 해안에서 뉴욕으로 향하는 초대형 발자국이 발견된다. 이에 체르노빌(Chernobyl Ukraine)에서 핵오염 이후의 지렁이 DNA 돌연변이를 연구하던 핵감시 위원회 소속의 타토폴로스 박사와 여류 생물학자 엘시 챕만이 미국무부에 의해 급파되어 조사한다. 그러는 와중에도 미국 해안에 정박된 배들이 일시에 뒤집어지고 바다 속으로 빨려들어가는 재해가 잇따른다. 정체를 알 수 없는 엄청난 파괴력을 가진 생명체가 지금 뉴욕을 향해 전속력으로 돌진하고 있다. 마침내, 뉴욕에 나타난 이 괴물은 거대한 생명체 ‘고질라’로, 뉴욕의 빌딩들은 거대한 괴력에 초토화 된다. 괴물의 정체를 하나하나 밝혀나가던 닉은 이 괴물이 무성생식으로 알을 품었거나 낳았을 것을 알게 되나, 군수뇌부는 이를 믿지 않는다. 괴물의 무자비한 괴력이 도시를 짓밟고, 사람들은 공포의 도가니에 빠진다. 뉴욕 한복판에서 광폭하게 날뛰는 고질라를 막기 위해 군대와 탱크가 동원되지만 거대하고 빠르고 무시무시한 힘을 가진 괴물에게 대항하기엔 역부족.

츠츠지다이에 사는 고등학교 1학년 히비키 유타는, 어느 날 눈을 뜨고 자신이 기억상실에 걸렸음을 깨닫는다. 뭔가 어긋난 듯한 기분 속에서 유타는 낡은 PC에 비치는 하이퍼 에이전트, '그리드맨'과 만난다. 사명을 다하라는 그리드맨의 말을 들은 유타는 갑작스런 일에 당황하면서도, 그 말의 의미를 고민하며 같은 반 친구인 우츠미 쇼, 타카라다 릿카, 신죠 아카네의 도움을 받아 하루하루를 보낸다. 하지만 그 평온한 날들은, 갑자기 나타난 괴수에 의해 너무나도 간단히 짓밟혔다.