Lincoln e i Loud sono entusiasti di dare il benvenuto in famiglia alla loro nuova nonna, Myrtle, con una festa di matrimonio tropicale, ma i festeggiamenti vengono interrotti quando una vecchia nemesi del passato da agente segreto di Myrtle appare sull'isola. Dopo che Myrtle viene rapita, Lincoln guida la sua famiglia nella missione da super-spia dei suoi sogni per salvare lei... e il mondo!
Phineas, Ferb e il loro ornitorinco domestico Perry decidono di seguire il Dr. Doofenshmirtz attraverso il suo "altrodimensionatonator": si ritrovano così in un universo parallelo dove una versione più malvagia del dottore domina il mondo attraverso un esercito di robot dai pugni di ferro...
Per l'ex super cattivo Gru la vita è cambiata radicalmente. Ora nel suo orizzonte ci sono solo le tre dolci bambine che ha adottato e la conversione del laboratorio segreto dei Minion e del dottor Nefario in un'impresa legale di produzione di marmellate e gelatine. Per Nefario, però, la rinuncia alla cattiveria è un sacrificio troppo grande e, cuore e valigia in mano, se ne va al soldo di un altro padrone. Gru, invece, viene reclutato dalla vulcanica agente Lucy Wilde, della Lega Anti Cattivi, per fingersi il gestore di un negozio di dolciumi in un centro commerciale e smascherare così il criminale che sta per assoggettare il mondo ai suoi terribili scopi.
Il pittore Totò viene incaricato da due truffatori di disegnare una camicia di notte su una copia della Maya Desnuda di Goya, al fine di imbrogliare un esperto d'arte e scucirgli un'ingente somma di denaro.
Questa volta la goffa spia sarà alle prese con una ragnatela di cospirazione che corre per tutto il KGB, la CIA e persino l'MI-7, minacciando l'incolumità del primo ministro Cinese.
Domestico presso il capo dell'Intelligence Service a Londra, Totò prende il posto di un agente con licenza d'uccidere inviato nel deserto del Kuwait. Pigra parodia di Lawrence d'Arabia con implicazioni alla James Bond. Qualche inconfondibile zampata qua e là di un Totò ormai sessantasettenne.
Peter è stato assunto come fattorino in un giornale di New York, ma la sua ambizione è quella di diventare giornalista. Ci riesce grazie ai preziosi servigi di Francis, che ascolta dialoghi riservati nei posti più disparati e li riferisce al padrone. Durante un'inchiesta su un capomafia, questi viene mistreriosamente ucciso: è ancora una volta Francis ad assicurare alla giustizia il vero colpevole.
Marissa, una spia, si dimette dall'OSS quando nasce sua figlia, per dedicarsi a lei, agli altri due bambini del marito, un tranquillo reporter, che vorrebbe sfondare con un proprio programma televisivo "cacciatore di spie". Quando un vecchio nemico, il malvagio Timekeeper, minaccia di distruggere il mondo, Marissa è costretta a tornare al servizio dell'Agenzia che ha creato gli Spy Kids, ma questa volta con l'aiuto dei suoi figli acquisti.
Ray Chase è il migliore agente segreto americano, ma agli occhi del mondo si finge un tranquillo commerciante di giocattoli preso in giro da tutti, anche dagli amici del figlio. Durante l'ultima missione, Ray sottrae un'arma ad una banda di trafficanti d'armi sofisticate e potentissime. Tornato a casa, viene scoperto dai malviventi che lo rapiscono con l'intento di fargli dire dove nasconde le armi. Il figlio di Ray, Jeremy una volta scoperta la vera identità del padre, insieme ai suoi amici lo libera e quest'ultimo una volta libero, scatena tutta la sua tecnica micidiale per combattere e sconfiggere quei malviventi e portare così, a termine la sua missione.