Η ιστορία εξελίσσεται δύο χρόνια μετά το τέλος του παιχνιδιού. Μια ασθένεια ονόματι "Geostigma" μαστίζει τον κόσμο. Ο κεντρικός ήρωας, Cloud Strife, θα πρέπει να αντιμετωπίσει τρεις μυστηριώδεις άνδρες που απαγάγουν μικρά παιδιά και τους κάνουν πλύση εγκεφάλου. Στο πλευρό του θα σταθεί η Tifa Lockhart, η οποία είναι πλέον ιδιοκτήτρια ορφανοτροφείου και φυσικά και άλλοι χαρακτήρες από το final fantasy VII όπως ο Vincent Valentine.

Η ιστορία της ταινίας τοποθετείται το 1965, λίγους μήνες πριν τον πόλεμο του Βιετνάμ, στην αμερικάνικη στρατιωτική βάση Yokota της Ιαπωνίας. Η κύρια πρωταγωνίστρια της ταινίας, ακούει στο όνομα Saya, και κύριος ρόλος της είναι να εξοντώνει δαίμονες – βαμπίρ (τα οποία αναφέρονται ως Chiroptera), με την χρήση ενός κατάνα. Η Saya δουλεύει για την κυβέρνηση των ΗΠΑ.