Matsukaze Tenma, einem Schüler im ersten Jahr kommt auf die Raimon Junior High und tritt dessen berühmten Fußballclub bei. Die Organisation Fifth Sector hat die Kontrolle über den Fußball in Japan übernommen, weswegen in Raimon die Leidenschaft für den Fußball nicht mehr existiert. Kurz nachdem Trainer Endou die Mannschaft verlassen hat, ordnet Fifth Sector an, dass die Raimon Elf einen Ausflug machen soll, mit dem unter anderen auch Trainer Enodu etwas zu tun haben soll. Die Raimon Elf muss sich nun ihrer größten Herausforderung - Team Zero stellen.
Die hübsche Shion wechselt an eine neue Schule, wo sie aufgrund ihrer offenen Art sofort herzlich aufgenommen wird. Jedoch umgibt sie ein Geheimnis: Sie ist eine künstliche Intelligenz in der Testphase. Shion soll es gelingen, sich unter die Mitschüler zu mischen, ohne dass ihre wahre Identität aufgedeckt wird. Das wird gar nicht so leicht, denn sie hat sich in den Kopf gesetzt, die chronische Einzelgängerin Satomi aus ihrer Klasse „glücklich“ zu machen – und dafür greift sie auf ziemlich skurrile Mittel zurück. So singt sie ihr immer mal wieder vor aller Augen ein beeindruckendes Ständchen und verwickelt Satomi zudem in die aberwitzigsten Situationen. Bei ihren Aktionen übertreibt Shion es so sehr, dass nur eine Notabschaltung sie noch stoppen kann. Kein Wunder also, dass ihre Tarnung bald auffliegt und für einiges Chaos sorgt …
Ist es sinnvoller, verschenkte Zeit zu stehlen oder gestohlene Zeit zu verschenken?! Makoto ist ein ganz normales Mädchen, das nachmittags Baseball spielt, mit Schulstress kämpft und keinen Plan in Sachen Zukunft hat. Der pubertäre Leichtsinn findet ein jähes Ende, als das Teengirl zufällig entdeckt, dass es durch die Zeit reisen kann. Anstatt ihr wundersames Können nun aber dem Wohl der Menschheit zu widmen, verschafft Makoto sich zunächst ganz kindgemäß den eigenen Vorteil: Da werden die tollsten Karaokeabende mit Freunden immer wieder aufs Neue ausgekostet, zarte Liebesbande geknüpft oder vermurkste Schultests korrigiert. Doch das Leben ist kein Ponyhof und schon bald muss Makoto feststellen, dass Tod, unerfüllte Liebe und zerschlagene Freundschaften selbst mit Zeitsprüngen nicht immer abgewandt werden können.
Im Japan der Edo-Zeit, während des Tokugawa-Shogunat, taucht plötzlich ein feindlicher Clan auf, der nichts weniger als den Sturz der Regierung im Sinn hat. Mithilfe der Acht Teufel von Kimon, einer Bande von blutrünstigen Dämonenkriegern, wird das feudale Japan von einer Welle aus Chaos und Terror überschwemmt. Nur der geheimnisvolle Ninja Jubei Kibagami kann Japan noch vor dem totalen Untergang bewahren. Während seines blutigen Kampfes bemerkt der wortkarge Ninja-Krieger jedoch, dass weit mehr hinter der Verschwörung steckt als anfangs angenommen. Jubei Kibagami sieht sich mit einem längst tot geglaubten Gegner konfrontiert, der mit ihm noch eine Rechnung zu begleichen hat.
Jeder Mensch verfügt über seine eigene, persönliche Welt. In der Klasse 2-1 treffen viele dieser Welten aufeinander. Die Welt von Akio Honjou besteht im Grunde nur daraus, mit seinen Freunden die Geschehnisse der letzten, nächtlichen Anime-Nacht leidenschaftlich nachzuerzählen und aufzubereiten. Eines Tages jedoch, beginnt Akio sich mehr und mehr für die Welt von Juri Makina, einer gutaussehenden Klassenkameradin, zu interessieren. Er fasst den Beschluss, sich ihr zu nähern und genaueres über ihre Welt herauszufinden, was sich als nicht sonderlich einfach entpuppt.
Gejagt von den Kriegern der Ming Dynastie reist der Junge Kotaro mit seinem Hund durch das mittelalterliche Japan. Als Kotaro in einen Hinterhalt geräht, rettet ihn der Samurai Nanashi vor den Angreifern. Nanashi, ein außergewöhnlicher Elitekämpfer, schließt sich dem Jungen an, damit er sein Ziel erreicht: einen Tempel, in dem Kotaro seine Bestimmung erfahren soll. Allerdings erweist sich die Reise dorthin als ziemlich aufregend, da sie nicht nur von einer ganzen Armee Mingkriegern verfolgt werden, sondern auch von einem außergewöhnlichen Schwertkämpfer, der niemand Geringeren sucht, als den besten Gegner für ein Duell...
Japan im Sommer des Jahres 1945: Der zweite Weltkrieg tobt und seit drei Jahren ist nun auch die Weltmacht USA ein Kontrahent Japans im Pazifikkrieg. Der sechsjährige Gen kennt die Welt nur vom Krieg gepeinigt, doch nichtsdestotrotz lebt er mit seiner Familie ein zwar beschwerliches, aber dennoch erfüllendes Leben. Die anti-militärische Einstellung des Vaters bringt jedoch einige Repressalien für die Familie mit sich und Nahrungsknappheit stellt eine große Gefahr für Gens schwangere Mutter dar. So helfen er und sein kleiner Bruder Shinji ihren Eltern bei der Arbeit, um die schwere Zeit zu überstehen. Wie durch ein Wunder blieb ihre Heimat bisher von Bombenangriffen verschont und die Familie blickte hoffnungsvoll in Richtung Zukunft, doch nichts hätte den kleinen Gen auf die Hölle vorbereiten können, die am 6. August 1945 über Hiroshima losbricht …
Im Jahr 2029 haben viele Menschen Teile ihres Körpers durch künstliche Bestandteile ersetzen lassen, wurden also zu Cyborgs, um so bestimmte Fähigkeiten zu verbessern oder sich neue anzueignen. Sogar das Gehirn lässt sich teilweise durch ein so genanntes Cyberbrain ersetzen. Verpackt in einer Biokapsel, der Shell, stecken in jedem Cyborg menschliche Gehirnzellen mit dem Geist (Ghost), der die Identität und Persönlichkeit enthält. Umso bedrohlicher ist das Auftauchen eines unbekannten Hackers, genannt Puppet Master (zu dt. Puppenspieler), der die Sicherheitsbarrieren der Shell überwinden und die Cyborgs kontrollieren kann. Seine Opfer werden mit falschen Erinnerungen manipuliert, verlieren ihr Identität und begehen Verbrechen für den Puppet Master oder seine Auftraggeber.
Patlabors sind riesige, von Menschen gesteuerte Roboter, die für zivile wie militärische Zwecke genutzt werden. Sowohl die japanische Polizei wie auch die Verteidigungsstreitkräfte haben eigene Patlabor-Einheiten. Südost-Asien 1999: Japan nimmt mittlerweile an Kriegseinsätzen der Vereinten Nationen teil. Diesmal soll ein Patlabor-Einheit eine sich im Dschungel versteckt haltende Terroristen-Gruppe ausheben – die Blauhelm-Truppe wird komplett aufgerieben. Der Leiter dieser Einheit: Yukihito Tsuge, schwört Rache an der japanischen Regierung, die für ihn nur aus rückgratlosen Weichlingen besteht. Tokyo 2002: Die Stadt wird durch eine Welle von Terroraktionen erschüttert. Ein Teil des Militärs spaltet sich ab und verhängt den Ausnahmezustand. Nur die Patlabor-Truppe kann Japan noch retten – schließlich kommt der Kopf hinter dieser gigantischen Verschwörung aus ihren Reihen...
Zwei Jahre sind nach den Geschehnissen der letzten Episode der TV-Serie vergangen: Edward hat sein Leben der Welt der Alchemie gewidmet, indem er durch das Tor der Alchemisten gegangen ist. Somit konnte er das Leben seines Bruders Alphonse retten und ihm dessen normalen Körper zurückgeben. Edward lebt nun in der realen Welt, genau genommen im München des Jahres 1923. Da hier Alchemie wirkungslos ist, hat Ed all seine alchemistischen Kräfte verloren. Gemeinsam mit seinem Kommilitonen Alfons Heiderich hatte er an der Universität in München Raketentechnik studiert. Sein größter Wunsch aber ist nach wie vor, irgendwann nach Amestris zurückzukehren.
In Tokio kommt es zu einer merkwürdigen Reihung von Amokläufen einiger Arbeitsroboter. Die einzige Gemeinsamkeit dieser scheint ein neues Betriebssystem, das H.O.S – Hyper Operating System zu sein. Es stellt sich heraus, dass der Entwickler dieses Betriebssystems selbst für die Probleme verantwortlich ist: Er hat einen Virus programmiert, der sich schwer aus den Labors entfernen lässt und der die Amokläufe auslöst.
Eines Tages verschwindet Tenchi plötzlich spurlos. Während Ryoko und Ayeka verzweifelt nach ihm suchen, sammeln Washu und die anderen Informationen, um einen Anhaltspunkt für Tenshis Verschwinden zu finden. Ein halbes Jahr vergeht, bis sie schließlich fündig werden - Sie finden einen erwachsen wirkenden Tenchi in einer kleinen Stadt, in der Ryoko und Ayeka in einem kleinen Café arbeiten, doch etwas seltsames scheint in der Stadt vorzugehen: Tenchi verschwindet immer wieder vor ihren Augen und dann ist da noch die mysteriöse Frau, die immer bei Tenchi ist.
In sechs Kurzgeschichten werden Ereignisse, die zeitlich nach Batman Begins angesiedelt sind, erzählt. 3 Jugendliche berichten von einem Kampf Batmans, wie sie ihn erlebt haben. 2 Polizisten geraten in eine Bandenschießerei. Batman erprobt neue Ausrüstung. Killer Croc und Scarecrow kidnappen einen Priester. Batman erinnert sich an Bruce Waynes Trainingszeit in Indien zurück und der Scharfschütze Deadshot kehrt nach Gotham zurück.
John Woo und Shinji Aramaki werfen ihr Talent in die Waagschale, um gemeinsam einen futuristischen Thriller nach der beliebten japanischen Manga-Serie von Shirow Masamune (Ghost in the Shell) zu schaffen. Deunan, Briareos und Tereus sind Soldaten in einer Spezialeinheit ihre Aufgabe: im Stadtstaat Olympus für Ruhe und Ordnung zu sorgen.
Einen Tag vor ihrem Geburtstag macht sich die schüchterne Akane auf den Weg in den Antiquitätenladen ihrer etwas "speziellen" Tante Chi. Sie möchte sich dort ihr Geburtstagsgeschenk abholen, doch was sie stattdessen vorfindet, übersteigt all ihre Erwartungen. Sie trifft auf den mysteriösen Alchemisten Hippokrates und dessen Begleitung, eine winzige Fee namens Pipo. Die beiden wundersamen Gestalten überreden das Mädchen, sie auf ihrer Reise zu begleiten und so betritt das kuriose Gespann durch eine Falltür im Keller die geheimnisvolle "Welt hinter der Tür". Doch hier herrschen katastrophale Zustände für die sich der Prinz des Landes nicht zu interessieren scheint. Kann Akane diese Welt vor dem Untergang retten? Und warum nennt Hippokrates Akane eigentlich immer wieder "Göttin des grünen Windes"?
Nakazono Makoto ist ein nicht ganz so normaler Oberschüler. Seit seiner Kindheit kann er, im Gegensatz zu seinen Mitmenschen, schwarzgekleidete Personen sehen, die immer dann auftauchen, wenn es zu Todesfällen kommt und die Seelen von Menschen zu stehlen scheinen. Schnell hatte er sich jedoch abgewöhnt, mit anderen darüber zu sprechen, da niemand ihm glaubte und es andere verstörte. Unternommen hatte er nie etwas – bisher. Denn eines Tages beobachtet er einen Seelenräuber auf dem Dach seiner Schule, der etwas mit ihm selbst zu tun haben könnte oder jemandem, der ihm nahe steht...
Eines Tages auf seinem Weg von der Schule nach Hause, findet Tokio ein einsames Katzenmädchen. Er möchte das Wesen bei sich aufnehmen, nur das Problem ist, dass seine Mutter eine Katzenallergie hat und auch nur an den Gedanken einer Katze in ihrer Nähe, ausflippt. Dank der Überredungskünste des Jungen darf das Mädchen »Chibi«, trotz aller Zweifel, bei ihm bleiben und zusammen treffen sie auf einen Kater namens Raphael, der ihr Leben gehörig auf den Kopf stellt.
Die Ritterprinzessin Arnelia zieht mit ein paar Gefolgsleuten in den Kampf um die finstere Herrschaft der Dämonenkönigin Valvaran zu beenden und die Welt zu befreien.