قرن 23 است. کشتی ستاره ای فدراسیون ایالات متحده آمریکا اینترپرایز در حال انجام مانورهای آموزشی معمولی است و دریاسالار جیمز تی کرک به نظر می رسد از این واقعیت که این بازرسی آخرین ماموریت فضایی دوران حرفه ای او باشد، ناامید شده است. اما خان برگشته است. خان - مرتد درخشان زمین قرن بیستم - با کمک گروه تبعیدی خود از ابرمردان ژنتیکی، به ایستگاه فضایی رگولا یک حمله کرد، یک دستگاه فوق محرمانه به نام پروژه پیدایش را دزدید، کنترل کشتی ستاره دیگری فدراسیون را به دست گرفت و در تعقیب اینترپرایز تصمیم گرفت. اجازه نمی دهد هیچ چیز مانع از انجام مأموریت او شود: دریاسالار کرک را بکشد... حتی اگر به معنای آرماگدون جهانی باشد.
چهار فضانورد که سوار بر سفینه ای جدید به مأموریتی آزمایشی رفته اند، به طور پیش بینی نشده ای، در معرض مقدار زیادی اشعه ی گاما قرار می گیرند. این حادثه، تغییر و تحولات غریب و غافل گیر کننده ای در هر چهار نفر به وجود می آورد و پس از چندی آنان به «چهار شگفت انگیز» معرو ف می شوند…