Et skudd faller og rammer en ung gutt. På en karusell, i et tivoli. Kulen var ment for FBI-agenten Sean Archer, men rammet i stedet sønnen. Sean (John Travolta) tar opp jakten, besatt av tanken på å fange morderen. Den iskalde psykopaten og bombemannen Castor Troy (Nicholas Cage) skades under flukten og faller i koma, bare minutter etter å ha avslørt sin skremmende hemmelighet: En armert biologisk bombe som er stor nok til å utradere hele San Fransisco. Klokken tikker, men ingen vet hvor. På regjeringens ordre gjennomgår Sean en ny avansert kirurgisk metode...som utstyrer ham med morderens ansikt.
Når en kvinne bortføres av en mystisk indianerstamme som lever i huler og ryktes å ha overnaturlige egenskaper, tar den lokale sheriffen opp jakten på kidnapperne sammen med tre samvittighetsfulle borgere. Og mens de begir seg inn i lovløst terreng, truer de indre motsetningene i troppen med å sabotere oppdraget før det engang har begynt.
Den berømte fotballstjernen Paul "Wrecking" Crewe havner i fengsel for fyllekjøring, hvor han oppdager at fengselsdirektøren Hazen, har spesielt bedt om å få ham til fengselet sitt.