Ta ärkab ülesse. Ta leiab enda tuppa lukustatuna. Tihti on ta narkojoobes ning ta ajaviitmiseks vaatab ta telekat või mõtleb, kes on kõige selle taga. 15 aasta pärast leiab ta ennast vabadusse pääsenuna sama ootamatult, kui ka vangistus oli seda. Nüüd otsustab ta leida ülesse selle, kes temaga seda tegi ning ta meelel on vaid kättemaks.

Jurassic Pargi laastamisest on möödunud neli aastat ja dr Malcolm avastab, et midagi on ellu jäänud. Costa Rica saarel, mis kuulub Costa de las Cinco Muertes'ile, elavad ja arenevad dinosaurused vabaduses. See on niinimetatud B-tsoon: koht, mis toimis geenilaborina. Pärast seda, kui John Hammond juhtis ettevõtte pankrotti, on tema õepoeg Peter üle võtnud ja on ohtliku piirkonna ekspluateerimisega valmis ettevõtte üles võtma.

On aasta 1957, Külm sõda on täies hoos. Seiklejast ajalooprofessori Indiana Jonesi eesmärgiks on üks ajaloo silmapaistvamaid arheoloogilisi leide, Akatori kristallpealuu, mis on tekitanud läbi aegade inimestes imetlust, ebausku ja hirmu. Mees võtab suuna Peruu kaugeimatesse kolgastesse, kus asub hulgaliselt iidseid haudu, kadumaläinud seiklejaid ning väidetavasti ka kullast linn. Indy saab oma kaaslastega peatselt aru, et lisaks neile jahib müütilist eset ka Nõukogude eriüksus, mida juhtiv Irina Spalko ei kohku tagasi millegi eest.