Kaikki tutut hahmot - leijona Alex, seepra Marty, kirahvi Melman, virtahepo Gloria, kuningas Julien, Maurice ja pingviinit - palaavat valkokankaalle Madagascar 2:ssa. Tultuaan jätetyksi autiolle Madagascarille newyorkilaiset ovat kehittääneet niin hullun suunnitelman, että se voi jopa toimia. Pingviinit ovat - tavallaan - korjanneet sotilaallisella tarkkuudella vanhan tuhoutuneen lentokoneen. Päästyään ilmaan erikoinen miehistö pysyy taivaalla juuri ja juuri riittävän kauan selviytyäkseen villeistä villeimmästä paikasta, itse Afrikan tasangoista, jossa eläintarhassa kasvaneet sankarimme törmäävät ensimmäistä kertaa oman lajinsa edustajiin. Samalla kun he löytävät juurensa, he tajuavat nopeasti todellisen oikean ja betoniviidakon eron. Kauan kadoksissa olleista sukulaisistaan, kilpakosijoista ja viekkaista metsästäjistä huolimatta Afrikka vaikuttaa huippupaikalta... mutta onko se parempi kuin heidän kotinsa Keskuspuistossa?
Kaksi turhankin idearikasta koulupoikaa, Erno ja Huuko hypnotisoi koulunsa rehtorin uskomaan olevansa supersankari nimeltään Kapteeni Kalsari.
Emma ja Liv ovat parhaat ystävät, jotka tekevät kaiken yhdessä. Nyt molemmat ovat menossa naimisiin, mutta hääsuunnittelijan virheen vuoksi kummankin häät sovitaan järjestettäviksi samaan aikaan samassa paikassa. Kumpikaan tytöistä ei halua luopua unelmiensa hääpaikasta, joten Liv ja Emma ajautuvat katkeraan taisteluun täydellisistä häistä.
Orpo tallipoika Geoff ystävystyy nuoren Drake lohikäärmeen kanssa. Geoff ystävineen opettaa Draken lentämään, taistelemaan ja suojelemaan itseään häikäilemättömältä ritarilta.