در فیلم «نابودگر ۲: روز رستاخیز» باری دیگر یک شکارچی از زمان آینده، برای شکار جان کارنر به زمان فعل می آید. از زمان هولوکاست اتمی سال ۱۹۹۷ توسط ماشین ها و علیه انسان ها، تنها یک مرد باقی مانده که می تواند در وضعیت بحرانی انسان ها تغییری به وجود آورد و او کسی نیست جز جان کارنر که در این فیلم یک نوجوان بیشتر نیست اما قرار است در آینده و پس از فاجعه مذکور، رهبری انسان های باقی مانده در برابر ماشین ها را عهده دار باشد.
جیمز کول (ویلیس)، یک زندانی حکومتی است که در سال ۲۰۳۵ به شرطی با آزادی اش موافقت می شود که به زمان گذشته برگردد و مانع گسترش یک بیماری ویروسی شود. این بیماری باعث نابودی بیش تر مردم کره ی زمین شده و به خاطر آلودگی هوا، بازماندگان در زیرزمین زندگی می کنند.
شهری در دنیای آینده ای تاریک و آشفته. قصابی (دریفوس) با کشتن شاگردانش و فروش گوشت آنان به مشتریان تأمین معاش می کند. «لوییزون» (پینون)، دلقک بی کار که تازه استخدام شده، قرار است قربانی جدید او باشد. اما «ژولی» (دونیاک)، دختر قصاب به «لوییزون» دل می بندد و او را از خطر آگاه می کند...
بیشتر موجودات کره زمین مرده‌اند و بازماندگان هم بخاطر تهاجم موجودات ناشناخته مجبور هستند که در شهرهای حفاظت شده زندگی کنند. زمین تقریبا تبدیل به یک ویرانه شده و مورد هجوم موجودات بیگانه‌ای قرار گرفته است که بوسیله‌ی یک شهاب سنگ به زمین آمدند و برای همه موجودات سیاره یک خطر بزرگ محسوب می‌شوند. آکی راس تلاش می‌کند به دکتر سید و کاپیتان گری ادوارد و گروهش کمک کند تا بصورت غیر نظامی از شر این موجودات ناشناخته خلاص شوند اما…
در سال ۲۰۰۳، دکتر سرینا کوگان از شرکت «سایبرداین سیستمز»، به سلول مارکوس رایت می‌آید و این زندانی محکوم به مرگ (با تزریق) را متقاعد می‌کند تا بدن خود را پس از مرگ برای پژوهش پزشکی به آن شرکت بسپارد. یک سال بعد از این جریان، ربات‌های ساخت انسان که به درجه‌ای از هوشمندی و خودآگاهی رسیده‌اند، نوع بشر را به عنوان تهدیدی برای بقای خود به‌شمار می‌آورند و سامانه‌ای به نام «سامانه اسکای‌نت» را به منظور قلع و قمع انسان‌ها ایجاد می‌کنند. این سامانه موفق می‌شود در جریان رخدادی که «روز داوری» نامیده می‌شود بیشتر افراد بشر را نابود کند.