Quattro giovani amici partono alla volta del cuore della foresta amazzonica. Quella che inizia come un'avventura da sogno si trasformerà presto in un incubo totale a causa di una fraudolenta guida.

Blu e la sua anima gemella vivono insieme a Rio de Janeiro e hanno avuto 3 figli, quando però scoprono che nel cuore dell'Amazzonia è stato avvistato un altro uccello della loro specie capiscono di non essere gli ultimi rimasti come credevano e decidono di partire in un viaggio di famiglia alla scoperta delle proprie origini. Non sarà facile adattarsi, specie per Blu, il più lontano dalle regole del mondo animale, e non aiuterà il fatto che Miguel, sopravvissuto miracolosamente al film precedente, li abbia avvistati e abbia deciso di partire alle loro calcagna con l'obiettivo di vendicarsi.

Nel cuore di una foresta impenetrabile c'è una prigione femminile; le detenute sono sottoposte a ogni genere di maltrattamento e violenza, stupro e tortura inclusi. Un gruppo di rivoluzionari tenta così di liberarle.