La historia transcurre 10 años antes, cuando sucede "La navidad perdida (lost christmas)". Los personaje principales son Scrooge, un hombre con el que han hecho varios experimentos en una desconocida base, y por lo cual olvido su verdadero nombre, y Carol, una mujer que también estaba sometida a varios experimentos, y es la que sabe el nombre clave de Scrooge.
Cuando Sakura es poseída por la sombra, Shirou arriesga su propio cuerpo y mente para salvarla deteniendo el Santo Grial contaminado, enfrentándose a su ahora corrompido Servant Saber en el proceso. Aliados con el sacerdote rebelde Kirei Kotomine, su compañero competidor Illyasviel von Einzbern y el servant Rider desplazado de Sakura, Shirou y Rin entran en una carrera contrarreloj para rescatar a Sakura de la locura y poner fin a la Guerra del Santo Grial de una vez por todas, antes de que el Grial corrupto pueda provocar. El fin del mundo.
La Guerra del Santo Grial: una batalla violenta entre magos en la que siete amos y sus sirvientes convocados luchan por el Santo Grial, un artefacto mágico que puede otorgarle al vencedor cualquier deseo. Hace casi 10 años, la batalla final de la Cuarta Guerra del Santo Grial causó estragos en la ciudad de Fuyuki y se cobró más de 500 vidas, dejando la ciudad devastada. Shirou Emiya, un sobreviviente de esta tragedia, aspira a convertirse en un héroe de la justicia como su salvador y padre adoptivo, Kiritsugu Emiya. A pesar de ser solo un estudiante, Shirou es arrojado a la Quinta Guerra del Santo Grial cuando accidentalmente ve una batalla entre sirvientes en la escuela y convoca a su propio servidor, Saber. Cuando una sombra misteriosa comienza una juerga asesina en la ciudad de Fuyuki, Shirou se alinea con Rin Toosaka, un compañero participante en la Guerra del Santo Grial, para detener las muertes de innumerables personas
Clannad está ambientado en una escuela secundaria ubicada en una ciudad japonesa. Okazaki Tomoya es un estudiante de tercer año que no se toma en serio sus estudios. Siempre tarde a clase, es visto como un delincuente por el resto de sus compañeros que están ocupados preparándose para sus exámenes de ingreso. No hace falta decir que tampoco tiene muchos amigos cercanos.
La historia es una versión alternativa de la Fate / stay historia de la noche que comienza poco después de la primera pelea contra Saber y Lancer. Este argumento da Archer un papel más activo, y desarrolla un romance entre Shiro y Rin, en lugar de Shiro y Saber
A pesar de haber perdido la guerra y Saber, Shirou se ve incapaz de dejar de participar en la Guerra del Santo Grial. Cuando se revela que Sakura es una Maestra en la Guerra del Santo Grial, Shirou siempre está decidida a mantenerla a salvo. Cuando Sakura comienza a sucumbir a su misteriosa enfermedad, y la misteriosa sombra sigue matando gente, Shirou y Rin están decididos a terminar la Guerra del Santo Grial.
La historia gira en torno a Riki Naoe y Kudryavka Noumi a medida que su amistad evoluciona hacia una relación romántica.
Hace mucho tiempo, una doncella alada fue prisionera en un castillo y maldecida para nunca experimentar el amor. Siglos después, en un tranquilo pueblo costero, una niña revive esta agonía.
La juez Blackwell pone en libertad a un delincuente que agredió a una mujer. La indignación que siente el marido de la víctima le conduce a obrar de forma impulsiva. Al día siguiente, la juez es asesinada.