Ninjababy er en komedie om 23 år gamle Rakel, som først når hun er seks måneder på vei oppdager at hun ble gravid etter en lite romantisk one-night-stand.
Alenemoren Elin forsøker å få livet på plass når tragedien rammer. På fisketur løper barna av gårde og Ulrik (6) ramler i elva og drukner. Tilbake på elvebredden står Storm (8) og stirrer sjokkert ned i vannet. Den lille kommunen slår ring om dem, men nå begynner det å gå rykter på skolen om at noen har sett Storm ondsinnet dytte broren sin i elven. Det tvinger Elin ut i en desperat kamp for å beskytte Storm mot anklagene, men hva om hun har gjort det? De stadig mer nærgående spørsmålene driver Elin inn i en farlig karusell av manipulasjoner og løgner.