Film rozpráva príbeh Klaatua, mimozemšťana, ktorý jedného dňa pristane na Zemi. Ohlasuje svoj príchod v mieri a žiada stretnutie s vodcami všetkých krajín sveta, ktorým chce odovzdať svoje posolstvo. Keď sa však dozvie, že je to nemožné, opustí svoj súčasný príbytok a vydá sa do sveta na vlastnú päsť...
Agenti FBI Mulder a Scullyová už celých päť rokov vyšetrujú prípady spadajúce pod Akty X. Tentokrát budú vyšetrovať výbuch bomby v americkom Dallase, ktorý, ako skoro Mulder zistí, mal ukryť štyri telá, nakazené smrteľným a neznámym vírusom. Agenti sa tak dostávajú znovu na stopu temnej vládnej konšpirácií a ďalším utajeným pravdám.
Provokatívny thriller Štvrtý druh je natočený podľa skutočných udalostí v odľahlom meste Aljašky, kde od šesťdesiatych rokov dochádza k záhadnému miznutiu ľudí. Tento jav nebol nikdy uspokojivo vysvetlený. Vďaka natáčaniu psychologických sedení s traumatizovanými pacientmi objavila a zhromaždila doktorka Abigail Tylerová extrémne znepokojujúce dôkazy o stretnutiach štvrtého druhu, ktoré viedli k obnoveniu vyšetrovaní záhadných zmiznutí. Zatiaľ neuverejnené archívne nahrávky z psychologických sedení doktorky Tylerovej sú zverejnené aj vo filme. Ich použitie robí z filmu Štvrtý druh ešte mrazivejší zážitok.