Billy Costigan er en fersk politimann som har vokst opp omgitt av kriminalitet. Det gjør ham til den perfekte muldvarp, og han settes til å infiltrere mafiaen, hvor Frank Costello er boss. Billys oppgave er å vinne Costellos tillit og dermed hjelpe etterforskerne Dignam og Queenan med å ta mafiabossen. I mellomtiden vinner spesialetterforsker Colin Sullivan alles tillit på politihuset. Ingen forstår at han er Costellos muldvarp.

Denne filmen fokuserer på krigen mellom to gjenger i 1930 tallets Harlem. På den ene siden har vi den strategiske gufaren Bumpy Johnson og på den andre den hensynsløse Dutch Schultz. Forhandlinger foreslått av syndicat sjefen Lucky Luciano ble aldri holdt, og blod flyter. Johnson blir arrester. Når Johnson blir sluppet ut på prøve tar han over foretningene til Stephanie " The Queen " St. Claire. Og må igjen ta opp krigen med Dutch Schultz.

Agent 47, alias Hitman, er en genetisk skapt, følelseskald drapsmaskin. Hans egenskaper er dødelig grasiøsitet, stålsikker presisjon og en resolutt yrkesstolthet. Agent 47 får som alltid et oppdrag fra "The Agency". Men denne gangen blir jegeren den jagede når han innblandes i et politisk bedrageri. Både Interpol og det russiske militæret jager ham gjennom øst-europa, mens han prøver å finne ut hvem som lurte ham inn i dette og hvorfor. Hitman er basert på de populære dataspillene ved samme navn og handler om en leiemorder som går under navnet; Agent 47.