يدرك أحد قراصنة الكمبيوتر أن ما يعتبره معظم الناس واقعًا هو في الحقيقة محاكاة يتم إنشاؤها بواسطة آلات، فينضم إلى المتمردين ليتحرر.
مرت ما يقرب من 10 سنوات منذ أن تم استهداف سارة كونور من قبل سايبورغ من المستقبل. الآن ابنها ، جون ، القائد المستقبلي للمقاومة ، هو هدف لمنهي جديد أكثر فتكًا. مرة أخرى ، تمكنت المقاومة من إعادة حاميها في محاولة لإنقاذ جون ووالدته سارة.
بعد حوالي 31 سنة من الحرب العالميّة الثالثة؛ أحد أفراد عصابة كانيدا المدعو بتيتسو اصطدم بطفل ذو قوّةٍ خارقة وتوّرط تيتسو بعد ذلك في مشروع خطير يهدّد مدينة نيو طوكيو بأكملها لكن ما هذا المشروع؟ ومن هو هذا الطفل ذو القوّة الخارقة؟
دوجلاس كويد يسكنه حلم متكرر عن رحلة إلى المريخ، ويأمل كويد لمعرفة المزيد عن ذلك الحلم، ويقرر خلال العطلة التوجه لشركة ريكال، حيث يزرعون ذكريات في الذاكرة، ولكن اﻷمور ساءت بعد غرس تلك الذاكرة، حيث تذكر كويد بأنه عميل سري مقاتل.
يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).
شقيقان مستذئبان مقاتلان (لوغان وفيكتور)، ولدا قبل 200 سنة، عاشا من حرب إلي حرب خلال تاريخ الولايات المتحدة الأمريكية، في العصر الحديث سمح العقيد الأمريكي (سترايكر) بتجنيد العديد من هؤلاء المسوخ مثل قطاع (الكوماندوز)، وقع (لوجان) في حب فتاة تعمل مدرسة محلية، ورفض الإنضمام لفريق سترايكر.
أصبح جون كونور في العشرينات من العمر، الآن تسعى مدمرة أنثى تدعى تي – إكس أو "تريميناتركس" لقتله، بعدها يتم إرسال مدمر من طراز تي - 800 مرة أخرى عبر الزمن لحماية جون كونور، في الوقت الذي تكون فيه الآلات على وشك النهوض.